Question

因此，当我在Rmarkdown中编写以下代码时，我收到了一个特定的错误：

# Install caret.
install.packages("caret", repos="http://cran.us.r-project.org", dependencies=TRUE)
library(caret)

cross_val <- caret::trainControl(method="repeatedcv", number=10, savePredictions=TRUE)

fit1 <- train(Class ~ Cl.thickness + Cell.size + Cell.shape + Marg.adhesion + 
                Epith.c.size + Bare.nuclei + Bl.cromatin + Normal.nucleoli + Mitoses, 
              data = BreastCancer[complete.cases(BreastCancer),], 
              method = "glm", family="binomial", trControl = cross_val, 
              tuneLength = 5, control = list(20))

错误是：

Error in train.default(x, y, weights = w, ...) : object 'TrainControl' 
 not found Calls: <Anonymous> ... eval -> train -> train.formula -> train -> train.default

这是在RStudio中，在64位Windows 10上使用R版本3.3.1。我已经查看了其他一些帖子并尝试了一些事情，到目前为止没有任何变化... .libPaths()给出我：

[1] "C:/Users/User Name/Documents/R/win-library/3.3"
[2] "C:/Program Files/R/R-3.3.1/library

caret出现在win-library/3.3文件夹中。我已经尝试重置RStudio，卸载和重新加载包，更新包以及重新安装包。

当我在RStudio控制台中运行代码时，我没有错误，它运行完成并正确生成结果。但是，如果我在控制台中运行代码然后再次运行Rmarkdown代码，则会出现其他错误：

Error in library(caret) : there is no package called 'caret' Calls: 
 <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> 
 library Execution halted

我现在处于一个死胡同，所以任何提示/线索都会非常感激！（如果有更多信息可以帮助我，请告诉我！）

编辑1：

我应该注意到，无论我使用trainControl还是caret::trainControl，都会发生错误。

Answer 1

我遇到了这个问题，在尝试在另一台PC上重现它的过程中，我做了一个有趣的发现。一个简单的可复制示例：

```{r}
library(caret)

set.seed(1)
train.control <- trainControl(method = "cv", number = 10)
#Train the model 
step.model <- train(Fertility~., data = swiss,
                method = "leapBackward",
                tuneGrid = data.frame(nvmax = 1:5),
                trControl = train.control
                )

step.model$results

```

如果将其作为块运行，它将返回5x7的性能统计表。

尝试编织文档，我会收到一个错误：

Error in trainControl(method = "cv", number = 10) : could not find function "trainControl" Calls: <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval Execution Halted

当我尝试重现它时，我使用了以下YAML标头，并未成功编织：

---
title: "Unable to Knit"
output: html_document
---

当我在新的PC上运行它时，我的YAML标头已经成功并成功编织：

---
title: "Unable to Knit"
output:
  html_document:
    df_print: paged
---

我返回了第一台PC，并带有成功的YAML标头，并成功编织

TL; DR：更改您的YAML标头，然后重试

在R studio中编织时使用插入符号对象的问题

1 个答案: