使用python ElementTree耗尽内存

Question

编辑：未来的任何人，我使用的解决方案是切换到cElementTree。它不仅以较少的内存运行，而且速度明显更快。

这适用于大小约600mb的文件，大于那个，我的内存不足（我有一台16GB的机器）。我可以做什么来分段读取文件，或者一次读取一定比例的xml，或者是否存在更少的内存密集型方法？

import csv
import xml.etree.ElementTree as ET
from lxml import etree
import time
import sys

def main(argv):
    start_time = time.time()

#file_name = 'sample.xml'
file_name = argv
root = ET.ElementTree(file=file_name).getroot() 
csv_file_name = '.'.join(file_name.split('.')[:-1]) + ".txt"
print '\n'
print 'Output file:'
print csv_file_name

with open(csv_file_name, 'w') as file_:
    writer = csv.writer(file_, delimiter="\t")
    header = [ <the names of the tags here> ]
    writer.writerow(header)
    tags = [
        <bunch of xml tags here>    
            ]

    #write the values
#     for index in range(8,1000):
    for index in range(3,len(root)):
        #print index
        row=[]
        for tagindex,val in enumerate(tags):
            searchQuery = "tags"+tags[tagindex]
#             print searchQuery
#             print root[index]
#             print root[index].find(searchQuery).text
            if (root[index].find(searchQuery) is None) or (root[index].find(searchQuery).text == None):
                row.extend([""])
                #print tags[tagindex]+" blank"
            else:
                row.extend([root[index].find(searchQuery).text])
                #print tags[tagindex]+" "+root[index].find(searchQuery).text
        writer.writerow(row)


    #for i,child in enumerate(root):
        #print root[i]
    print '\nNumber of elements is: %s' % len(root)

print '\nTotal run time: %s seconds' % (time.time() - start_time)

if __name__ == "__main__":
    main(sys.argv[1])

Answer 1

使用 ElementTree.iterparse 来解析XML数据。请参阅文档以获取帮助。

Answer 2

几点提示：

• 使用lxml，这是非常高效的
• 使用iterparse可以逐件处理您的文档

但是，iterparse可能会让您大吃一惊，最终可能导致内存消耗过高。要解决这个问题，您必须清除对我已经处理过的项目的引用，如我最喜欢的关于effective lxml usage的文章所述

使用优化fastiterparse.py

的示例脚本iterparse

安装docopt和lxml

$ pip install lxml docopt

编写脚本：

"""For all elements with given tag prints value of selected attribute
Usage:
    fastiterparse.py <xmlfile> <tag> <attname>
    fastiterparse.py -h
"""
from lxml import etree
from functools import partial

def fast_iter(context, func):
    for event, elem in context:
        func(elem)
        elem.clear()
        while elem.getprevious() is not None:
            del elem.getparent()[0]
    del context

def printattname(elem, attname):
    print elem.attrib[attname]

def main(fname, tag, attname):

    fun = partial(printattname, attname=attname)
    with open(fname) as f:
        context = etree.iterparse(f, events=("end",), tag=tag)
        fast_iter(context, fun)

if __name__ == "__main__":
    from docopt import docopt
    args = docopt(__doc__)
    main(args["<xmlfile>"], args["<tag>"], args["<attname>"])

尝试调用它：

$ python fastiterparse.py                                               
Usage:
    fastiterparse.py <xmlfile> <tag> <attname>
    fastiterparse.py -h

使用它（在您的文件上）：

$ python fastiterparse.py large.xml ElaboratedRecord id
rec26872
rec25887
rec26873
rec26874

结论（使用fast_iter方法）

主要内容是fast_iter功能（或至少记住clear未使用的元素，删除它们并最终删除context

测量可以显示，在某些情况下，脚本运行速度稍慢，然后没有clear和del，但差异并不显着。优势在于内存是限制，因为当它开始交换时，优化版本将变得更快，如果内存耗尽，则没有太多其他选项。

Answer 3

使用 cElementTree 代替 ElementTree 。

将您的ET import语句替换为：import xml.etree.cElementTree as ET