我正在寻找一个python包，我可以用来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一种能够以主要动力学理论方式处理相当多分子的装置，并且可以处理存在固体表面的装置。关于表面，我需要能够创建任意形状并监测由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有能够处理它的分子，我可以自己添加表面部分。
有谁知道任何可能合适的套餐？
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您考虑过SimPy了吗？ SimPy是一个相当通用的离散事件仿真软件包，但可以切实满足您的需求。
更好的是Molecular Modelling ToolKit (MMTK)似乎更专业......
我没有使用过，但这听起来很有趣。 Python作为一种语言似乎在仿真软件中处于特权地位，人们可以依赖于所有常见逻辑的框架来编写模型的特定细节，例如调度，可视化，监控等。当使用与生物模型相称的代理计数时，这样的工具包的扩展程度如何（顺便说一句，“大”是多少？）
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Lampps和gromacs是两种众所周知的分子动力学代码。这些代码都有一些基于python的包装器东西，但我不确定包装器暴露了多少功能。他们可能无法对模拟给予足够的控制。
谷歌为“GromacsWrapper”或google为“lammps”和“pizza.py”
数字材料和ASE是两个分子动力学代码，它们暴露了许多功能，但是上次我看，它们都是相当专业的。它们可能不允许您使用您想要的力势
谷歌为“数字材料”和“康奈尔”或google为“ase”和dtu
MJV注意事项：普通MD代码一次只执行一个步骤，它们会在每个时间步长中移动所有粒子。大部分时间都花在计算每个原子上的总力量上。这涉及迭代一对相邻原子的列表。我认为最好的想法是在c ++或fortran中进行力计算和一些基础知识，然后在python中包装该功能。 （但是看看使用numpy矩阵可以获得多远可能会很有趣）
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答案 3 :(得分：1)
另一个通用模拟框架是我自己的GarlicSim。你可以试试。如果你认真的话，我可以帮你解决问题。
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我不知道这些程序是否具备您需要的所有功能但是kde程序中有avogadro，我认为它是可扩展的，因为它是开源的，你可以用它做任何事情。 http://www.kde-apps.org/content/show.php/Avogadro?content=59521
我的朋友非常先进和编程
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