R - 来自稀疏2d数据的热图

Question

我想在不使用ggplot的情况下实现这个人所取得的成就。有什么想法吗？

How do I create a continuous density heatmap of 2D scatter data in R?

您可以在使用该问题中详述的解决方案时看到我得到的结果。

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  stat_density2d(aes(alpha=..level..), geom="polygon") +
  scale_alpha_continuous(limits=c(0,1),breaks=seq(0,1,by=0.1))+
  geom_point(colour="red",alpha=0.2)+
  theme_bw()

热图很稀疏。我希望它涵盖的内容远远超过它现在所涵盖的范围。很难看出有关密度的任何信息。除了这个ggplot解决方案之外，还有不同方法从2D数据制作密度热图的想法吗？

我的一个想法是使用线性颜色标记（参见左边的黑色到白色光谱，这是线性的），使用对数标度进行密度标记。我有什么想法可以做到这一点吗？

Answer 1

  

“热图是如此稀疏。我希望它覆盖的内容远远超过它现在所覆盖的内容。很难看到密度的任何信息。”

请具体说明：您希望在有大多数或所有NA的区域看到什么？

• 如果你将geom_point与alpha-blending和position_jitter一起使用，那么当前的情节就像它一样好
• 如果是纯色，那么使用geom_hex（），请参阅http://mfcovington.github.io/r_club/solutions/2013/02/28/peer-produced-plots-solutions/代码。然后玩连续的color_scale ......你可能想要一个非线性变换。如果您想要批评，请将您的修改后的尝试发布给我们。

Answer 2

我实际上最终使用了smoothScatter，它运行良好并使用经典的R绘图。