Question

我有三张不同基因组间隔的表。这是一个例子：

> a
   chr interval.start interval.end names
1 chr1              5           10     a
2 chr1              6           10     b
3 chr2              7           10     c
4 chr3              8           10     d

> b
   chr interval.start interval.end names
1 chr1              6           15     e
2 chr1              7           15     f
3 chr1              8           15     g

> c
   chr interval.start interval.end names
1 chr1              7           12     h
2 chr1              8           12     i
3 chr5              9           12     j
4 chr10             10          12     k
5 chr20             11          12     l

我试图在将信息转换为GRanges后找到所有表之间的公共间隔。基本上我想做像交叉（c，intersect（a，b））之类的东西。但是，因为我使用的是基因组坐标，所以我必须使用GRanges和GenomicRanges包，我不熟悉。

我可以做findOverlaps（gr，gr1）或findOverlaps（gr1，gr2），但有一种简单的方法可以像findOverlaps（gr，gr1，gr2）一样重叠多个GRanges吗？

任何帮助将不胜感激。如果在别处问过这个问题，我会事先道歉。

由于

Answer 1

您可以使用subsetByOverlaps一对比较结果对其中一个进行子集，然后使用该子集与第三组进行比较。

Sub1 <- subsetByOverlaps(gr,gr1)
Sub2 <- subsetByOverlaps(sub1,gr2)

或直接

Reduce(subsetByOverlaps, list(gr, gr1, gr2))

导致GRanges对象的子集在所有3个GRanges对象中重叠

根据您想要的重叠类型以及具有最大范围的重叠类型，您应该考虑将哪个用作查询以及哪个主题。

Answer 2

以下工作用于获取所有范围之间的精确相交。

Reduce(intersect, list(gr, gr1, gr2))

在：

Reduce(subsetByOverlaps, list(gr, gr1, gr2))

subsetByOverlaps将第一个granges对象作为查询（括号中的第一个对象，此处为gr），并返回查询（gr）中与主题中至少一个元素（gr1，gr2）重叠的坐标。因此，为了找到公共区间（交叉区域），相交是一个合适的函数。

R与findOverlaps（）重叠多个GRanges

2 个答案: