使用R package" vegan"获得用于RDA分析的p值。

时间:2014-04-03 15:53:24

标签: r vegan rda

我正在使用R package" vegan"进行冗余分析。我想获得分析的p值(或替代t值),以评估我的预测变量的显着性。我能够使用anova函数生成p值,分别针对每个RDA轴(轴)和每个预测器(术语):

model<-rda(precip ~ SOI + IOD + AAO, predictors)

anova_axis<-anova(model,by="axis")
anova_terms<-anova<-anova(model,by="term")


#### Outputs ####

Model: rda(formula = precip ~ SOI + IOD + AAO, data = predictors)
          Df Var    F         N.Perm Pr(>F)   
RDA1      1  640315 6.1841    199    0.005 **
RDA2      1  255421 2.4669    199    0.010 **
RDA3      1   75211 0.7264     99    0.710   
Residual  25 2588537  


Model: rda(formula = precip ~ SOI + IOD + AAO, data = predictors)
          Df    Var      F     N.Perm Pr(>F)   
SOI       1  435080 4.2020     99     0.01 **
IOD       1  419880 4.0552     99     0.01 **
SAM_AAO   1  115987 1.1202     99     0.23   
Residual 25 2588537                        

然而,对于每个RDA轴,我真正需要的是每个预测变量的p值。所以这样的表格如下:

Predictor    RDA1    RDA2    RDA3
SOI          xxx     xxx     xxx
IOD          xxx     xxx     xxx
AAO          xxx     xxx     xxx

有谁知道如何以及是否可以获得这个?任何帮助将不胜感激!

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