在Linux中安装R包

时间:2014-04-01 11:14:58

标签: linux r gcc

我正在尝试使用以下命令在Ubuntu中安装R包:

    R CMD INSTALL rpart_4.1-5.tar.gz
    install.packages("/home/rpart_4.1-5.tar.gz", repos = NULL, type="source")

    * installing to library '/R/library'
    * installing *source* package 'rpart' ...
    ** package 'rpart' successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    sh: make: command not found
    ERROR: compilation failed for package 'rpart'
    * removing '/R/library/rpart'

我安装了GCC 4.8.2,命令gcc -v提供以下输出:

    Using built-in specs.
    COLLECT_GCC=gcc
    COLLECT_LTO_WRAPPER=/tools/stow/gcc-4_8_2-2.x86-     64.linux.centos.5/bin/../libexec/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.8.2/lto-wrapper
    Target: x86_64-unknown-linux-gnu
    Configured with: ../gcc-4.8.2/configure --prefix=/mnt/gcc/buildir/gcc-4.8.2
    Thread model: posix
    gcc version 4.8.2 (GCC)

上次我遇到同样的问题,安装GCC(相同版本)解决了它(在此主题上在Stackoverflow上发布了类似的查询)。但是,这次它不起作用。有人可以让我知道造成这个问题的原因。

谢谢

更新

我们正在尝试手动安装依赖项以查看它是否有效。我们已经安装了Make和GCC 4.8.2:

但是,我仍然会收到以下错误:

    * installing to library '/opt/vertica/R/library'
    * installing *source* package 'rpart' ...
    ** package 'rpart' successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    cc -std=gnu99 -I/opt/vertica/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic   -c    anova.c -o anova.o
    make: cc: Command not found
    make: *** [anova.o] Error 127
    ERROR: compilation failed for package 'rpart'
    * removing '/opt/vertica/R/library/rpart'

除了Make和GCC之外,我们还需要安装任何其他依赖项吗?

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

您的系统没有制作编制实用程序。

请执行以下命令在您的系统中安装make。

 sudo apt-get install build-essential

答案 1 :(得分:1)

如果你这样做

 sudo apt-get install r-base-dev

您对 R软件包构建的所有关键依赖项都是您想要的。这包括编译器,make等作为built-essential的一部分以及R所需的特定库。我们创建此包的原因是:)

如果您的计算机没有永久的互联网访问权限,请查找以前提出的有关“apt-get without internet access”等问题。