R包glmnet安装错误

时间:2014-11-18 19:06:26

标签: linux r installation cran glmnet

第一次发布,所以我对我违反的任何发布禁忌表示歉意。

我按照这里的安装说明进行操作:http://web.stanford.edu/~hastie/glmnet/glmnet_alpha.html有一个小例外:我已经获得了一个tar球,并且是从本地目录而不是镜像镜安装的。 (我试过了两个)

我正在开发一个我没有sudo访问权限的共享unix环境。

在R中使用此命令install.packages("full/path_to_tar/glmnet_1.9-8.tar.gz", "full/path_to_local_libs/R_libs")会导致以下错误:

 installing *source* package ‘glmnet’ ...
 This package requires a fortran 90 compiler. We assume
 that your fortran 90 environment is set up appropriately.
 Reference: Section on 'Using F95 code' in R-exts manual.

 R_HOME is /usr/pkgs/R/2.12.0/lib64/R
 R configured for gfortran...
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gfortran -fdefault-real-8 -ffixed-form -fpic -g -O -c  glmnet5.f90 -o glmnet5.o
makeList item: gfortran: Command not found

我参考了参考文献,发现更新我的PATH以使用gcc.4.8.1可以缓解这个问题。我这样做了。

重试相同的命令会产生以下结果:

installing *source* package ‘glmnet’ ...
This package requires a fortran 90 compiler. We assume
that your fortran 90 environment is set up appropriately.
Reference: Section on 'Using F95 code' in R-exts manual.
R_HOME is /usr/pkgs/R/2.12.0/lib64/R
R configured for gfortran...
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gfortran: error: unrecognized command line option ‘-rpath=/usr/pkgs/X11/R7.3-64/lib:[...]:/usr/pkgs/R/2.12.0/lib’
make: *** [glmnet.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘glmnet’

我知道-rpath是一个有效的gcc选项,但我不确定为什么将-rpath选项传递给gfortran,或者为什么它是失败的结果。

任何建议都会非常有用!

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