Question

前言：我是一个os x用户来到linux，所以请原谅我的无知

我使用synaptic安装了R，现在我正在尝试安装软件包。

我打开R然后尝试

install.packages("some_package")

系统尝试默认为/site-library，然后告诉我它不可写，然后询问制作个人图书馆？

我应该让网站库可写吗？或者还有更多内容吗？

Answer 1

目录/usr/share/local/lib/R是默认位置;默认情况下，该目录具有所有权root:staff。如果您将自己添加到组staff（最简单：通过编辑/etc/group和/etc/gshadow），您可以在那里写，并且您不需要sudo权限来安装软件包。这就是我的工作。

或者，执行apt-get install littler并将示例文件/usr/share/doc/littler/examples/install.r复制到/usr/local/bin和chmod 755。你可以sudo install.r lattice ggplot2做两个流行的例子。

BTW Ubuntu 8.1不作为版本存在。也许你的意思是8.10？考虑升级到9.10 ...

编辑：另请查看this recent SO question。

Answer 2

我遇到了同样的问题。最方便的方法是以超级用户身份启动R.

sudo R

之后，install.packages("some package")应该有效。

Answer 3

如果您是唯一需要这些软件包的用户，那么最简单也是最简单的方法就是让R为您创建个人库。这样，您就不需要处理由包管理系统管理的系统目录。

在Ubuntu中安装一些包的另一种方法是查找名称为r-cran-*的Ubuntu包。这样您就不必担心依赖性，所有用户都可以使用这些包，并且Ubuntu包管理系统会对更新进行更新。但是只有一小部分CRAN软件包以这种方式提供，您可能无法获得最新版本。

Answer 4

好吧，我更喜欢将软件包安装到本地R文件夹~/R/，但这只是一个个人偏好的问题...你也可以授予自己对默认库的写入权限，它不会做任何差。

请务必添加最新的套餐。默认回购中可用的那些包很旧。 R v.2.9.0默认在9.10中可用，而v.2.10.1现在可用。所以请保持最新，将此行添加到文件/etc/apt/sources.list（将<text>替换为CRAN服务器地址，您可以在www.r-project.org＆gt; CRAN＆gt; Linux＆gt; Ubuntu上找到服务器地址）：

deb http://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu karmic/

然后在终端中运行此行：

gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 && gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

如果正确导入了密钥，请运行：

sudo apt-get install r-base-core

或者如果您已经安装了R，请运行：

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

您还应检查alias函数（在终端中尝试man alias）以自动执行重复性任务...在终端感觉舒适，Synaptic确实是一个很好的工具，但大多数Linux用户更喜欢命令 - 线路方法有充分理由 - 它是高度可定制的=）

我建议您坚持使用一台服务器（在选择默认服务器时请注意 - 我更喜欢UCLA的服务器，Berkeley工作正常，主服务器通常很忙......所以......）

或者，您可以将默认CRAN服务器添加到.First（）函数：

# replace '<server address>'

.First() <- function() {
options("repos" = c(CRAN = "<my.favorite.cran.mirror>"))
}

现在你可以输入：

> install.packages('<somepackage>')

你将失去无聊的Tcl / Tk服务器列表窗口！哦，真是一种解脱！

欢迎来到Ubuntu！
干杯，伙计！

在ubuntu 8.10上安装R软件包

4 个答案: