计算Stata中的标准偏差以近似β分布

时间:2014-03-01 00:04:03

标签: stata survival-analysis markov weibull

我的问题涉及计算从Stata中通过Weibull回归估计的系数导出的转移概率的标准差(SD)。

转换概率被用于模拟白血病患者的疾病进展超过40天(约10年)的40个周期。我需要概率的SD(在马尔可夫模型的运行中改变)来创建β分布,其参数可以使用相应的马尔可夫循环概率及其SD来近似。然后使用这些分布进行概率灵敏度分析,即它们代替简单概率(每个循环一个),随机抽取它们可以评估模型成本效益结果的稳健性。

无论如何,利用时间到事件生存数据,我已经使用回归分析来估计可以插入方程中以生成转移概率的系数。例如......

. streg, nohr dist(weibull)

        failure _d:  event
   analysis time _t:  time

Fitting constant-only model:

Iteration 0:   log likelihood = -171.82384
Iteration 1:   log likelihood = -158.78902
Iteration 2:   log likelihood = -158.64499
Iteration 3:   log likelihood = -158.64497
Iteration 4:   log likelihood = -158.64497

Fitting full model:
Iteration 0:   log likelihood = -158.64497  

Weibull regression -- log relative-hazard form 

No. of subjects =           93                     Number of obs   =        93
No. of failures =           62
Time at risk    =        60250
                                                   LR chi2(0)      =     -0.00
Log likelihood  =   -158.64497                     Prob > chi2     =         .

------------------------------------------------------------------------------
          _t |      Coef.   Std. Err.      z    P>|z|     [95% Conf. Interval]
-------------+----------------------------------------------------------
-------------+------
       _cons |  -4.307123   .4483219    -9.61   0.000    -5.185818   -3.428429
-------------+----------------------------------------------------------
-------------+------
       /ln_p |  -.4638212   .1020754    -4.54   0.000    -.6638854    -.263757
-------------+----------------------------------------------------------
-------------+------
           p |    .628876   .0641928                      .5148471    .7681602
         1/p |   1.590139   .1623141                      1.301812    1.942324

然后我们用方程式()创建概率,使用p和_cons以及t用于时间(即马尔可夫循环数)和u用于周期长度(通常是一年,我的工作时间为90天)与白血病患者很有可能发生事件,即复发或死亡。

所以lambda = p,gamma =(exp(_cons))

gen result = (exp((lambda*((t-u)^ (gamma)))-(lambda*(t^(gamma)))))

gen transitions = 1-result

转向可变性,我首先计算系数的标准误差

. nlcom (exp(_b[_cons])) (exp(_b[/ln_p]))

       _nl_1:  exp(_b[_cons])
       _nl_2:  exp(_b[/ln_p])

------------------------------------------------------------------------------
          _t |      Coef.   Std. Err.      z    P>|z|     [95% Conf. Interval]
-------------+----------------------------------------------------------
-------------+------
       _nl_1 |   .0116539   .0044932     2.59   0.009     .0028474    .0204604
       _nl_2 |   .6153864    .054186    11.36   0.000     .5091838     .721589

但我真正追求的是转换值的标准错误,例如,

nlcom (_b[transitions])

但是这不起作用,我正在使用的这本书没有提供有关获取这些额外信息的提示。任何关于如何接近的反馈都将非常感激。

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这个答案是不正确的,但我保留了它,因为它产生了一些有用的评论

sysuse auto,clear gen u = 90 + rnormal()

设置种子1234 捕获程序drop _all

程序定义myprog,rclass tempvar结果 reg turn disp / *这里替换你的-streg-语句* / gen result' = _b[disp]*u sum结果' return scalar sd = r(sd) 端

bootstrap sdr = r(sd):myprog estat bootstrap,bc百分位数

值得注意的是:在bootstrapped程序中,必须将新变量(您的结果)定义为临时变量;否则gen语句将导致错误,因为每个bootstrap复制都会重新创建变量。

答案 1 :(得分:1)

第二回答:2014-03-23

更新时间:2014-03-26 我修正了否定概率:我在抄写Emily的代码时犯了错误。我还按照Austin Nichols(http://www.stata.com/statalist/archive/2014-03/msg00002.html)在Statalist上的建议显示nlcom。我对奥斯汀的代码做了一次更正。

Bootstrapping仍然是解决方案的关键。目标量是通过公式计算的概率,该公式基于来自streg的估计参数的非线性组合。 由于估算值未包含在e(b)之后返回的矩阵streg中,nlcom将无法估算标准误差。 这是自举的理想情况。采用标准方法:创建一个程序myprog来估计参数;然后bootstrap该程序。

在该示例中,估计一系列t值的转移概率pt。用户必须设置t范围的最小值和最大值以及标量u。有趣的是,由于估计参数的数量是可变的,因此foreach内需要myprog语句。此外,bootstrap需要一个由myprog返回的估算列表组成的参数。此列表也在foreach循环中构建。

/* set u  and minimum and maximum times here */
scalar u = 1
local tmin = 1
local tmax = 3

set linesize 80

capture program drop _all

program define myprog , rclass
syntax anything
streg , nohr  dist(weibull)
scalar lambda = exp(_b[ln_p:_cons])
scalar gamma =exp(_b[_t:_cons])

forvalues t = `1'/`2'{
scalar p`t'= 1 -  ///
(exp((lambda*((`t'-u)^(gamma)))-(lambda*(`t'^(gamma)))))
return scalar p`t' = p`t'
}
end


webuse cancer, clear
stset studytime, fail(died)
set seed 450811

/* set up list of returned probabilities for bootstrap */
forvalues t = `tmin'/`tmax' {
local p`t' = "p" + string(`t')
local rp`t'= "`p`t''" + "=" +  "("+ "r(" + "`p`t''" +"))"
local rlist =  `"`rlist' `rp`t''"'
}

bootstrap `rlist', nodots: myprog `tmin' `tmax'
forvalues t = `tmin'/`tmax' {
qui streg, nohr dist(weibull)
nlcom 1 - ///
(exp((exp(_b[ln_p:_cons])*((`t'-u)^(exp(_b[_t:_cons]))))- ///
(exp(_b[ln_p:_cons])*(`t'^(exp(_b[_t:_cons]))))))
}

结果:

Bootstrap results                               Number of obs      =        48
                                                Replications       =        50
      command:  myprog 1 3
           p1:  r(p1)
           p2:  r(p2)
           p3:  r(p3)

------------------------------------------------------------------------------
             |   Observed   Bootstrap                         Normal-based
             |      Coef.   Std. Err.      z    P>|z|     [95% Conf. Interval]
-------------+----------------------------------------------------------------
          p1 |   .7009447   .0503893    13.91   0.000     .6021834    .7997059
          p2 |   .0187127    .007727     2.42   0.015     .0035681    .0338573
          p3 |   .0111243   .0047095     2.36   0.018     .0018939    .0203548
------------------------------------------------------------------------------

/* results of  nlcom */
------------------------------------------------------------------------------
          _t |      Coef.   Std. Err.      z    P>|z|     [95% Conf. Interval]
-------------+----------------------------------------------------------------
       _nl_1 |   .7009447   .0543671    12.89   0.000      .594387    .8075023
-------------+----------------------------------------------------------------
       _nl_1 |   .0187127   .0082077     2.28   0.023     .0026259    .0347995
-------------+----------------------------------------------------------------
       _nl_1 |   .0111243   .0049765     2.24   0.025     .0013706    .0208781
------------------------------------------------------------------------------