在python中使用scipy.spatial.distance.cdist（X，Y）查找一组点之间的距离

Question

我有一个数组数组，名为A，类似于：

array([[0.59, 1.23], [0.89, 1.67], [0.21,0.99]...])

并且其中有大约400套[x，y]点。我想找到A中每组点与B中每组点之间的距离，这是另一个看起来与A完全相同但是长度的一半的数组（所以大约有200组[x，y]点） 。因此，如果我想找到B中第q对[x，y]值与A中所有[x，y]值之间的距离，我尝试按照

的方式做一些事情。

import scipy.spatial.distance
for q in range(0,len(B)):
    y=scipy.spatial.distance.cdist(A,B[:q,:])

但我认为这不起作用。我只想要一个输出，显示B的第q行与A中所有点之间的距离。

Answer 1

两种解决方案：

直接计算完整矩阵，并访问第q列，获取A和B [q]之间的值。

d = scipy.spatial.distance.cdist(A,B)

for q in range(len(B)):
    y = d[:,q]
    print y

如果生成的矩阵太大而无法保存在内存中。你可以做到这一点。

for q in range(len(B)):
    y = scipy.spatial.distance.cdist(A,[B[q]])
    print y