使用Rcpp从List中检索参数

时间:2014-01-09 22:25:10

标签: r rcpp

Rcpp新手我正在测试如何从R中检索和使用具有已知结构的嵌套列表,而无需再次复制部分列表。小代码示例(带有嵌入式R代码)似乎可以工作(cout用于调试)。

从R检索到的列表rL可能非常大,所以我不想重新分配内存(复制rL的部分)。当前代码是否复制了rL的部分?

最佳拉斯

#include <Rcpp.h>
#include <iostream>
using namespace Rcpp;
using namespace std;

// [[Rcpp::export]]
SEXP testing(const List rL) {
   List L(rL);
   SEXP sL2(L["L2"]);
   List L2(sL2);

   SEXP sStateGrpL2(L2["stateGroups"]);
   List stateGrpL2(sStateGrpL2);
   SEXP sStateAllocL2(L2["stateAlloc"]);   
   CharacterVector stateAllocL2(sStateAllocL2);

   SEXP sActionGrpL2(L2["actionGroups"]);
   List actionGrpL2(sActionGrpL2);
   SEXP sActionAllocL2(L2["actionAlloc"]);
   List actionAllocL2(sActionAllocL2);

   vector<string> stateLabels; 
   vector<string> actionLabels;
   CharacterVector actionNames;

   for(int n2 = 0; n2< as<int>(L2["stages"]); n2++) {
      stateLabels = as< vector<string> >(stateGrpL2[as<string>(stateAllocL2[n2])]);
      int s2Size = stateLabels.size(); 
      SEXP sAllocA(actionAllocL2[n2]);
      List allocA(sAllocA);
      actionNames = as<CharacterVector>(allocA[0]);
      cout << "stage:" << n2 << " sN:" << as<string>(stateAllocL2[n2]) << "\n";
      for (int s2=0; s2<s2Size; ++s2) { 
        cout << " s:" << stateLabels[s2] << " aN:" << actionNames[s2] << "\n";
        actionLabels = as< vector<string> >(actionGrpL2[ as<string>(actionNames[s2]) ]);
        int a2Size = actionLabels.size();
        for (int a2=0; a2<a2Size; ++a2) {
           cout << "    a:" << actionLabels[a2] << "\n";
        }
      }
   }

   return wrap(0);
}


/*** R 
L <- list( L2=list(stages=2, 
                   stateGroups=list(s1Grp=c("a","b","c"),s2Grp=c("d","e")), 
                   stateAlloc = c(rep("s1Grp",1),rep("s2Grp",1)), 
                   actionGroups = list(a1Grp=c("terminate","keep"), a2Grp=c("finish")),
                   actionAlloc = list(list( rep("a1Grp",3) ),
                                       list( c("a1Grp","a2Grp") )
                                       )
                   )
     )
testing(L)
*/

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

你写道:

  

列表rL可能非常大,所以我不想使用新内存(复制   部分rL)。这是这样做的吗?

相当多(据我所知,从您的代码中可以看出)。

与R的所有交换使用SEXP类型,其中P代表指针 - 这些是浅层代理对象,不会被复制。它使用/重用R对象内存。

因此,如果您对profile / memory-profile进行了分析,那么它应该在N = 10和N = 1e5时表现相似。但证据就在布丁......

答案 1 :(得分:1)

一些事情:

  • 循环测试n2< as<int>(L2["stages"])难以阅读和 在每次迭代时计算效率低下。你应该 肯定只做一次。

  • 您的所有as< vector<string> >都创建了深层副本,而不是 利用R的字符串缓存。你不能用 而是CharacterVector