Question

我在wiki中查看如何转换以下有关珠子，笛卡尔坐标+能量的信息：

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

到pymol中的绘图，每个原子包含一个半径为R的球体，以其坐标为中心，颜色为彩虹渐变。

由于

Answer 1

你所呈现的实际上与分子结构有什么关系（即使用PyMol的动机是什么）？

如果您正在绘制一些分子结构，我建议只输出带有球体坐标的自定义PDB文件（您可以使用每个ATOM行的B因子字段作为控制PyMol中每个原子着色的方法）。 / p>

如果你没有绘制分子结构，最好使用PyMol的CGO接口。

来自PyMol文档：

CGO球体是由...生成的   SPHERE命令。

SPHERE，x，y，z，d

其中x，y，z是的坐标   球心，d是直径   球体。注意COLOR命令如何   用于设置球体的颜色。   和LINES一样，你只需要一个颜色   命令时的下一个颜色   球体的变化。

一个简单的例子：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)

从pymol中的笛卡尔坐标绘制彩色球体

1 个答案: