Question

我最近开始用一些焦磷酸测序群体结果进行PCA（基本上可以告诉不同样本中有多少种）。我在软件上有两个选择 - 在matlab中的PLS工具或在R中包装素食主义者。

在R中，我输入了我的normallised（相对丰富度）文件并在包vegan中使用rda：

pca<-rda(myfile)
biplot(pca)

我注意到PLS工具为您提供了选择平均居中的选项，使用该选项，PCA图在软件之间看起来完全不同。我想知道这个中心选项是否有所不同？我读了一些提到我们应该总是为PCA做中心的网站，我有什么办法可以在R中居中吗？或者R中的函数rda是否自己进行了中心定位？

谢谢

Answer 1

平均居中是自动完成的，并且总是在素食主义者的rda()函数中。纯素功能不提供任何其他选择。标准R函数prcomp（推荐）和princomp（不推荐）也没有。