在没有实际作业文件的情况下提交qsub作业的语法？

Question

我想在不创建离散作业文件的情况下即时提交qsub作业。所以，假设我有一个名为“get_time.py”的python脚本，它只是报告时间。而不是像这样制作提交脚本：

cat>job.sub<<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd $PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

...然后提交作业：qsub job.sub

我希望能够绕过文件创建步骤，并且我将构建的图像是这样的：     qsub -d . -e get_time.py

其中-e是我的虚构参数，它告诉qsub以下是要发送给调度程序的代码，而不是使用离散的提交文件。

我疯了吗？似乎应该有一个简单的解决方案，但我无法在任何地方找到它。谢谢你的任何建议！

Answer 1

如果你可以在HERE文档中编写你的工作，就像在你的例子中一样，你可以将这个HERE文档直接传递给qsub而不需要临时文件：

qsub <<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd \$PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

另请注意，您需要在$PBS_O_WORKDIR中转义美元符号，否则在提交作业之前会对其进行插值，最后会以空字符串结束。

Answer 2

在提供了所有选项（qsub等）后，您可以将任何可执行脚本/文件的名称传递给-d .。脚本名称后面的任何参数都被视为该脚本的参数。例如，如果我有脚本test.py：

#!/usr/bin/python
from sys import argv
script, param = argv
print param

然后我可以运行

qsub test.py 2

，我日志的输出将为2。

需要注意的两件重要事项：

1. 您的Python脚本必须是可执行的（例如chmod +x test.py）。
2. 您的Python脚本必须有一个shebang（例如#!/usr/bin/python）。

Answer 3

如果get_time.py是可执行的，且shebang是正确的，那么你应该可以简单地运行

qsub -d . get_time.py

如果由于任何原因失败，您可以使用以下构造

qsub -d . <<< "python get_time.py"

Answer 4

我不明白这个问题，但......

echo 'date' | qsub

对你不好？

Answer 5

在网格引擎中，-b y指定要执行的事物是二进制文件，而不是脚本：

qsub -b y get_time.py