Question

我在将一个线性数组从c ++保存到hdf5文件中的三维数据集时遇到了一个小问题。

内存中的布局如下所示：

    |---+---+---+---+---+---+---+---+---+---+----+----|
    | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
    |---+---+---+---+---+---+---+---+---+---+----+----|

虽然它被程序解释为：

         x
    |---+---+---| 
    | 0 | 1 | 2 |
z=0 |---+---+---| y
    | 3 | 4 | 5 |     
    |---+---+---|

           x
    |---+----+----|
    | 6 |  7 |  8 |
z=1 |---+----+----|  y
    | 9 | 10 | 11 |
    |---+----+----|

使用以下代码，此数组将保存到HDF5文件中的三维数据集

std::vector<int> buffer;
for(int i = 0; i < 12; ++i)
   buffer.push_back(i);
hsize_t dims[3] = {2,3,2};
    hisze_t mem_dim[1] = {12};
hid_t file = H5Fcreate (FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
    hid_t space = H5Screate_simple (3, dims, NULL);
hid_t mem_space = H5Screate_simple(1,mem_dim,NULL);

hid_t dset = H5Dcreate (file, DATASET, H5T_STD_I32LE, space, H5P_DEFAULT,
                       H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
herr_t status = H5Dwrite (dset, H5T_NATIVE_INT, mem_space, space, H5P_DEFAULT,
                   &buffer[0]);

这会产生如下布局：

         x
   |---+---+----|      
   | 0 | 2 |  4 |
z=0|---+---+----| y
   | 6 | 8 | 10 |
   |---+---+----|

         x
   |---+----+----|
   | 1 |  3 |  5 |
z=1|---+----+----|  y
   | 7 | 9  | 11 |
   |---+----+----|

我想这是因为行主格式（z是变化最快的索引）。无论如何，是否可以强制hdf5只用一次H5DWrite调用来编写预期的格式？

我想出了这个想法，但它不起作用。我想我得到了超级错误的功能。

    ... //Same as above, but before H5DWrite
    hsize_t start[3];
    hsize_t stride[3];
    hsize_t count[3];
    hsize_t block[3];

    //Select two blocks from array. First for z=0, second for z=1
    start[0] = 0;
    stride[0] = 6;
    count[0] = 2;
    block[0] = 6;
    status = H5Sselect_hyperslab (mem_space, H5S_SELECT_SET, start, stride, count,
             block);

    start[0] = 0;
    start[1] = 0;
    start[2] = 0;

    stride[0] = 2;
    stride[1] = 3;
    stride[2] = 1;

    count[0] = 1;
    count[1] = 1;
    count[2] = 2;

    block[0] = 2;
    block[1] = 3;
    block[2] = 1;

    status = H5Sselect_hyperslab (space, H5S_SELECT_SET, start, stride, count,
             block);

    status = H5Dwrite (dset, H5T_NATIVE_INT, mem_space, space, H5P_DEFAULT,
                      &buffer[0]);

在我对H5Sselect_hyperslab的解释中定义了两个块 mem_space映射到文件空间的两个块。但实际上结果与上述相同。可能吗在不重新格式化数组的情况下实现预期的行为没有在循环中调用H5DWrite？我

Answer 1

Hyperslabs只能跳过单元格，不能重新排序。所以我觉得你运气不好。

正如你所说，有两种解决方案：

在文件中重新排序数组。新的维度将是：
```
hsize_t dims[3] = {2,2,3};
                   ^ ^ ^
                   z i j
```
然后你可以在一次写入中转储数组。
在循环中用slab写下你的数组板。

在内存中重新排序数组会浪费时间。

HDF5：将线性阵列保存到三维数据集

1 个答案: