Question

我有关于跨越纬度感染特定宿主物种的病原体多样性的数据。设计涉及在不同纬度的4个地点的3个地点收集20个人，因此我有20个人，嵌套在3个地点，嵌套在4个地点。

鉴于我的病原体多样性数据是带有许多零的计数数据，这就是为什么我一直在探索使用带有lme4::glmer命令的GLMM来分析数据的原因。对于分析，我想将纬度视为数字固定因子，将网站视为与位置嵌套的随机因子。

对于我的完整模型，我按如下方式设置了我的命令：

glmer(pathogen.richness~latitude+(site|location),data=my.data,
      family="poisson")

这是我描述的正确语法吗？

谢谢！

Answer 1

你可能想要

glmer(pathogen.richness~latitude+(1|location/site),
     data=my.data,family="poisson")

但是，您可能会遇到一些问题，试图将位置的随机效果仅适用于4个位置，因此您可能更喜欢

glmer(pathogen.richness~latitude+location+(1|location:site),
     data=my.data,family="poisson")

（即使位置在概念上是随机效果，将其作为固定效果更合适可能更合实。）

不要忘记检查过度离散;处理此问题的一种方法是添加观察级随机效果：

transform(my.data,obs=factor(seq(nrow(mydata)))
update(prev_model,.~.+(1|obs))