Question

我有一个106 x 105的数据集和106行.... 73是a类型，33是b类型这些列指的是105种不同的基因。

我使用以下命令在数据集上运行PCA：

pca1 = prcomp(data, scale. = TRUE)
plot(pca1$x, pch = 20)

但是我希望情节显示红色的点类型和b蓝色的类型，我真的不知道怎么做

我试过这样做：

groups <- c(rep(1,73),rep(2,33))
qplot(pca1$x,colour = groups)

但是这返回了错误消息

"Error: Aesthetics must either be length one or the same length as the data.
 Problems:groups"

Answer 1

您从基本图形切换到ggplot2图形，没有进行必要的更改。 ggplot2需要数据框作为输入。 pca1$x是矩阵，而不是数据框。 ggplot2将尝试猜测美学，但在这种情况下，它不知道您想要将PC1得分与PC2得分进行绘图（因为矩阵是否。样本x没有变量）。所以你需要沿着这些方向做一些事情（未经测试，因为你没有给我们数据）：

df <- as.matrix(pca1$x)
df$groups <- c(rep(1,73),rep(2,33))
str(df) # so you can see the structure and names
qplot(x = name of 1st column, y = name of 2nd column, data = df, geom = "point", color = 'groups')

给我们一些样本数据，我们可以更具体。

<强>更新

如果您想使用基本图形，只需在原始图表调用中添加颜色名称向量：

plot(pca1$x, pch = 20, col = c(rep("red", 73), rep("blue", 33)))

用颜色分组PCA图

1 个答案: