PCA改变了簇的颜色

Question

我想更改群集的颜色但保持形状。 habillage=iris$Species会改变颜色和形状，只能改变颜色？

library("devtools")
install_github("kassambara/factoextra")
library("factoextra")
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz_pca_ind(iris.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95)

Answer 1

fviz_pca()的作用类似于ggplot图，因此，对于更改形状，您可以使用ggplot的美学映射，例如，用于更改形状。关于颜色，?fviz_pca_ind调用的文档告诉您可以通过palette更改颜色。

fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey") #change colors
             ) + 
             scale_shape_manual(values=c(2, 8, 11)) #change shapes