列和行组的多个框图

Question

所以我试图通过从一组基因制作盒子图来可视化我的数据，这样对于每个基因我都有不同菌株的不同盒子。数据看起来或多或少是这样的：

Strain  gene1         gene2      gene3  .   .   .
 A    2.6336700     1.42802     0.935742
 A    2.0634700     2.31232     1.096320
 A    2.5798600     2.75138     0.714647
 B    2.6031200     1.31374     1.214920
 B    2.8319400     1.30260     1.191770
 B    1.9796000     1.74199     1.056490
 C    2.4030300     1.20324     1.069800
 C    1.4829864     5.570571    12.29139
 C    0.7212928     6.070519    11.63530
 .
 .
----------

因此，对于这个例子，我想获得3张不同的图片（每个基因一张），每张图片应该包含3个盒子（每个株子一个）。这可能是一个很好而且简单的方法，但到目前为止，我正在绘制一个空白......

---

感谢所有答案/建议，这一切都非常有用。

Answer 1

以下是使用ggplot2进行此操作的一种方法。

首先，我们将您的数据框传递给长格式：

library(reshape2)
dfm <- melt(df)

然后：

library(ggplot2)
ggplot(data=dfm) + geom_boxplot(aes(x=Strain,y=value)) + facet_wrap(~variable)

Answer 2

lattice包非常适合此类分组。我总是发现使用它比ggplot2更容易。您也可以使用老式的基础R“ink-on-paper-method”（link）来完成它，虽然它有点手动。

首先你需要重塑数据框（顺便说一下这个步骤使用juba建议的reshape2包做得更好，但我会保留我的解决方案）。

str <- "Strain  gene1         gene2      gene3
 A    2.6336700     1.42802     0.935742
 A    2.0634700     2.31232     1.096320
 A    2.5798600     2.75138     0.714647
 B    2.6031200     1.31374     1.214920
 B    2.8319400     1.30260     1.191770
 B    1.9796000     1.74199     1.056490
 C    2.4030300     1.20324     1.069800
 C    1.4829864     5.570571    12.29139
 C    0.7212928     6.070519    11.63530"

tab <- read.table(con <- textConnection(str), header=TRUE)
tab <- data.frame(Strain=tab$Strain, stack(tab[-1]))

names(tab) <- c("Strain", "Expression", "Gene")

然后绘制

library(lattice)
bwplot(Expression ~ Strain | Gene, tab)

或其他方式合并为一个面板

bwplot(paste(Strain, Gene) ~ Expression, tab)