使用R中的数据帧列绘制多个框图

Question

我有一个数据框，其中包含一列分类数据（两个可能的值）和多个变量列。我需要绘制多个箱形图，每个变量列一个。每个图比较第1列中给出的两个分类组之间的变量值。到目前为止，我通过为每列编写单独的图调用来实现它。

#CREATE DATASET
mydata <- data.frame(matrix(rlnorm(30*10,meanlog=0,sdlog=1), nrow=30))
colnames(mydata) <- c("categ", "var1","var2", "var3","var4", "var5", "var6", "var7", "var8", "var9")
mydata$var2 <- mydata$var2*5
mydata$categ <- sample(1:2)
mydata

#LAYOUT
par(mfrow=c(3,3), mar=c(4,4,0.5,0.5), mgp = c(1.5, 0.3, 0), tck = -0.01)

#BOXPLOTS
boxplot(var1 ~ categ, data = mydata, outpch = NA, ylim = c(0, 8), Main = "Title", ylab="VarLevel", tck = 1.0, names=c("categ1","categ2"))
stripchart(var1 ~ categ, data = mydata, vertical = TRUE, method = "jitter", ylim = c(0, 8), pch = 21, cex = 1, col=c(rgb(255, 0, 0, 100, max = 255), rgb(0, 0, 255, 100, max = 255)), bg = rgb(255, 255, 255, 10, max = 255), add = TRUE)
test <- wilcox.test(var1 ~ categ, data = mydata)
pvalue <- test$p.value
pvalueformatted <- format(pvalue, digits=3, nsmall=2)
mtext(paste(colnames(mydata)[2], " p = ", pvalueformatted), side=1, line=-13, at=0.9, cex = 0.6)

boxplot(var2 ~ categ, data = mydata, outpch = NA, ylim = c(0, 40), Main = "Title2", ylab="VarLevel", tck = 1.0, names=c("categ1","categ2"))
stripchart(var2 ~ categ, data = mydata, vertical = TRUE, method = "jitter", ylim = c(0, 40), pch = 25, cex = 1, col=c(rgb(255, 0, 0, 100, max = 255), rgb(0, 0, 255, 100, max = 255)), bg = rgb(255, 255, 255, 10, max = 255), add = TRUE)
test <- wilcox.test(var2 ~ categ, data = mydata)
pvalue <- test$p.value
pvalueformatted <- format(pvalue, digits=3, nsmall=2)
mtext(paste(colnames(mydata)[3], " p = ", pvalueformatted), side=1, line=-13, at=0.9, cex = 0.6)

两个问题：
1）我想使用函数或for循环来编写每个数据列的绘图调用。不知道该怎么做。我看到了一些相关的帖子，但无法到达那里。现在尝试使用基本功能，但如果需要可以考虑使用ggplot或其他功能 2）作为循环/函数的一部分，有没有办法调整每个图的y轴刻度以适应变量的范围？因此，对于给定的列，如果最大值为2，则y轴​​刻度将增加到4.如果最大值为100，则y轴将上升到110.

赞赏的想法

Answer 1

我会sapply通过列号向量和子集mydata到函数中感兴趣的列。通过迭代列号而不是列本身，您可以轻松访问以后添加到图中的正确colname。

您还需要在第3面（顶部）添加一个小的外边距（oma），以便在前3个图中可以打印p值。

要解决第二个问题 - 减少y限制以适应数据范围 - 如果指定outline=FALSE来禁止绘制异常值，则会自动执行此操作。 （在您的代码中，您只是提供了NA作为绘图字符来隐藏它们，但boxplots在确定轴限制时仍然认为它们是数据的一部分。）但是，通过设置{{1} }，计算的y限制将不适应任何异常值，否则这些异常值将被outline=FALSE调用（我现在已将其修改为stripchart，因为它更简单一些）。

points

注意我还修改了par(mfrow=c(3,3), mar=c(3, 3, 0.5, 0.5), mgp = c(1.5, 0.3, 0), tck = -0.01, oma=c(0, 0, 1, 0)) sapply(seq_along(mydata)[-1], function(i) { y <- mydata[, i] boxplot(y ~ mydata$categ, outline=FALSE, ylab="VarLevel", tck = 1.0, names=c("categ1","categ2"), las=1) points(y ~ jitter(mydata$categ, 0.5), col=ifelse(mydata$categ==1, 'firebrick', 'slateblue')) test <- wilcox.test(y ~ mydata$categ) pvalue <- test$p.value pvalueformatted <- format(pvalue, digits=3, nsmall=2) mtext(paste(colnames(mydata)[i], " p = ", pvalueformatted), side=3, line=0.5, at=0.9, cex = 0.6) }) 调用第3面的情节，而不是指定第1面有较大的负边距。