Question

我正在尝试创建一个通用的rmarkdown模板，用于对数据框进行分析。我希望能够将数据帧传递到rmarkdown文件，而不是每次都对其进行硬编码。

以下是我一直在尝试的片段。你可以看到在顶部我必须加载数据框（mtcars）。我还手动识别自变量（ivs）和因变量（dvs）。我想将这些作为参数传递给我。我正在尝试快速和脏的SPSS Explore功能版本。 “Explore.Rmd”：

```{r}
library(ggplot2)
data(mtcars)
mtcars$am <- factor(mtcars$am, levels=c(0,1), labels=c("Manual", "Automatic"))
df <- mtcars
ivs <- c("cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec")
dvs <- c("mpg", "qsec")
```

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(ivs, dvs))
{
  hist <- ggplot(df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
  print(hist)
}
```

我希望代码看起来像这样使用knitr或类似的东西生成HTML。

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
magic("Explore.Rmd", myDF, ivs, dvs) # <- how do I do this part?

那么，是否可以使用静态rmarkdown文件并将参数传递给它？还是会有另一种方法来完成我想要做的事情？

Answer 1

另一种选择是使用params函数中的rmarkdown::render列出变量，请参阅：http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html。

首先，在rmarkdown文档的YAML中声明并提供参数的默认值：

---
title: My Document
output: html_document
params:
    df: !r data(mtcars); mtcars
    ivs: ["cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec"]
    dvs: ["mpg", "qsec"]
---

然后可以在报告正文中通过列表params：

访问这些内容

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(params$ivs, params$dvs))
{
   hist <- ggplot(params$df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
   print(hist)
}
```

最后，通过将命名参数列表传递给rmarkdown::render来覆盖默认值：

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", 
                  params = list(df = myDF, ivs = ivs, dvs = dvs))

由于YAML定义了默认值，因此只需要提供想要覆盖的内容，例如，

rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", params = list(ivs = c("cyl", "wt")))

仍将使用mtcars数据集，但仅绘制cyl，wt，mpg和qsec的直方图。

Answer 2

我认为你可以使用knit2html包中的knitr来做“魔术”。

您可以像这样定义降价文件并将其另存为mydoc.Rmd

 ```{r}
 source('test.R')
 ```
 ```{r}
library(ggplot2)
for (v in union(ivs, dvs))
{
   hist <- ggplot(myDF, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
 print(hist)
}

在test.R中，您可以准备数据：

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")

使用knitr编译
```
Knit2html('mydoc.Rmd')
```

Answer 3

我认为https://github.com/yihui/knitr/issues/567

提供了另一种选择

您必须提前创建这些参数，例如

args='2013'
knit('../my.Rmd','test.html')

然后knit()将识别my.Rmd;中的args，如果您想了解详细信息，请参阅envir参数

如何将变量传递到R markdown .Rmd文件？

3 个答案: