Question

我想计算数据帧的其中一列中的正值和负值的数量。我怎么办R？

例如，这里是数据框，例如

              logFC   logCPM       LR       PValue          FDR
Bra15066  -5.630822 5.184586 73.79927 8.647868e-18 4.060866e-13
Bra18809 -13.227825 7.158572 72.13478 2.009902e-17 4.719048e-13
Bra45310  5.848073 5.244367 65.61483 5.482472e-16 8.581530e-12
Bra44666  -4.270590 4.852193 63.75671 1.407731e-15 1.652605e-11
Bra34292 -12.917379 4.198073 61.84715 3.711794e-15 3.485968e-11
Bra38258  -5.239433 4.816886 57.98476 2.641567e-14 2.067378e-10

现在我想计算logFC列中正值的数量与负值的比较。

基本上我希望看到负数的5个计数和上述df的正数的1个。我怎么办R？

Answer 1

这是一个更简单的解决方案：

table(sign(mydf$logFC))

-1和1结果的数量分别为您的正数和正数。

Answer 2

pos<-nrow(df[df$logFC>0,])
neg<-nrow(df[df$logFC<0,])

df是数据帧，pos和neg是logFC中正面和负面条目的数量

Answer 3

使用plyr包中的count：

library(plyr)
with(mydata,count(sign(logFC)))

计算df中正数和负数的数量

3 个答案: