Question

我有一个39列（向上有100000行）数据框，其最后十列看起来像那样（其余列不关心我的问题）

H3K27me3_gross_bin H3K4me3_gross_bin H3K4me1_gross_bin UtoP UtoM UPU UPP UPM UMU UMP UMM
cg00000029                  3                 3                 6    1    1   0   0   0   0   0   0
cg00000321                  6                 1                 5    1    0   0   1   0   0   0   0
cg00000363                  6                 1                 1    1    0   1   0   0   0   0   0
cg00000622                  1                 2                 1    0    0   0   0   0   0   0   0
cg00000714                  2                 5                 6    1    0   0   0   0   0   0   0
cg00000734                  2                 6                 2    0    0   0   0   0   0   0   0

我想创建一个矩阵：

a）通过前三列中的每一列计算值列UPU，UPP或UPM为1的行数（H3K27me3_gross_bin，H3K4me3_gross_bin，H3K4me1_gross_bin） b）将前两列的UPU，UPP，UPM列的每行加起来

我想出了这种令人难以置信的繁琐方式：

UtoPFrac<-seq(6)
 UtoPTotEvents<-seq(6)
 for (j in 1:3){
  y<-df[,28+j]
  for (i in 1:3){
   UtoPFrac<-cbind(UtoPFrac,tapply(df[which(is.na(y)==FALSE),33+i],y[which(is.na(y)==FALSE)], function(x) length(which(x==1))))
}
}
UtoPFrac<-UtoPFrac[,2:10]
UtoPEvents<-cbind(rowSums(UtoPFrac[,1:3]),rowSums(UtoPFrac[,4:6]),rowSums(UtoPFrac[,7:9]))

我是certian有一种更加优雅的方式来做这件事，可能是通过使用aggregate（）或ddply（），但无法使其正常工作。我会更有效地帮助你做任何帮助

提前致谢

Answer 1

未经测试：

  library(plyr)
  dpply(df,.(H3K27me3_gross_bin, H3K4me3_gross_bin, H3K4me1_gross_bin), summarize, UPUl=length(UPU[which(UPU==1)]),UPPl=length(UPP[which(UPP==1)]),UPMl=length(UPM[which(UPM==1)]), mysum=sum( UPU + UPP + UPM))

P.S。如果你dput数据并提供预期的输出，我将测试上面的代码

r将另一列的几列相加

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