快速评估损坏的Affymetrix CEL文件

Question

我正在尝试使用R来规范化大量的Affymetrix CEL文件。但是，其中一些似乎被截断了，所以在阅读它们时我会收到错误

Cel file xxx does not seem to have the correct dimensions

规范化停止了。手动删除损坏的文件并每次重新启动将花费很长时间。你知道是否有一种快速方式（在R中或使用工具）来检测损坏的文件吗？

PS我99.99％肯定我在同一平台上将CEL正常化，它实际上只是截断文件： - ）

Answer 1

一个简单的建议：

你可以在read.table（或者你正在使用哪个读命令）周围使用tryCatch块吗？如果收到错误消息，则跳过一个文件。您还可以在catch块中编译已损坏文件的列表（我建议您这样做，以便在运行像这样的大批处理时跟踪损坏的文件以供将来参考）。这是伪代码：

corrupted.files <- data.frame()
for(i in 1:nrow(files)) {
    x <- tryCatch(read.table(file=files[i]), error = function(e) 
         if(e=="something") { corrupted.files <- rbind(corrupted.files, files[i]) } 
         else { stop(e) }, 
       finally=print(paste("finished with", files[i], "at", Sys.time())))
    if(nrow(x)) # do something with the uncorrupted data            
}