使用affymetrix数据,我一直认为“CEL文件”代表在真正使用之前需要处理(例如标准化)的原始数据。
然而,在GEO Omnibus网站上,当您查看某些研究的CEL文件时(并非所有研究:请查看带有此链接的示例:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM467778),
你可以读到GSM467778_50.CEL的值对应于:“RMA归一化信号强度”(在上面的例子中),这不是我所谓的“原始值”。
因此我真的不知道在这个例子中,我是否应该规范化cel文件或者是否已经完成了?