使用树状图和样品标签绘制热图

Question

使用heatmap的{​​{1}}函数，我从示例文件中创建了此热图树形图：

made4

如何在热图的边缘添加样本标签面板，如图所示？

这种情况下的标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便可以看到标签是否与热图/树形图所示的聚类相对应。在这个特殊的情节中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不一定是这种方式，我正在寻找方法只是为样本添加一个通用的列和一行标签。可能与应用树形图的特定阈值所产生的聚类不对应。

data(khan) heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red") 功能和heatmap数据来自khan：

made4

请参阅http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴使用可以绘制相同内容的require(made4) 的替代方法，基于层次聚类的具有两个树形图的热图。 heatplot只是一个例子。

当我尝试@HeatherTurner之类的heatplot建议我得到这张图片时（不知道如何关闭矩阵上的行/列标签以减少群集）：

热图看起来已损坏。这是使用小数据集重现此代码的代码：

heatmap.2

生成这个：

导致这些损坏的热图的原因是什么？

更新：道歉，我认为热图没有被破坏，只有require(gplots) data(khan) heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,]) 列才会导致青色线通过热图绘制。设置trace可以解决问题。

ps看起来trace=none有heatmap，可能是同一个参数？

Answer 1

尝试heatmap.2包中的gplots函数，该函数包含参数RowSideColors和ColSideColors以创建侧栏。

如果这不符合您的需求，heatmap.plus包允许进一步自定义，例如多个颜色边栏。

Answer 2

有一个名为＆＃39; fheatmap＆＃39;的新软件包。在R。

cpan fheatmap

我不能发布图片，因为我不熟悉博客。但请查看手册中的示例。