使用Python SciPy量化曲线拟合的质量

时间:2013-07-21 15:09:10

标签: python scipy curve-fitting least-squares

我正在使用Scipy CurveFit将高斯曲线拟合到数据中,并且我有兴趣分析拟合的质量。我知道CurveFit返回一个有用的pcov矩阵,从中可以将参数popt [0]的每个拟合参数的标准偏差计算为sqrt(pcov [0,0])。

e.g。代码段:

import numpy as np
from scipy.optimize import curve_fit

def gaussian(self, x, *p):
 A, sigma, mu, y_offset = p
return A*np.exp(-(x-mu)**2/(2.*sigma**2)) + y_offset

p0 = [1,2,3,4] #Initial guess of parameters
popt, pcov = curve_fit(gaussian, x,y, p0) #Return co-effs for fit and covariance

‘Parameter A is %f (%f uncertainty)’ % (popt[0], np.sqrt(pcov[0, 0]))

这表明拟合曲线方程中每个系数的拟合参数的不确定性,但我想知道如何最好地获得整体“拟合参数质量”,以便我可以比较不同曲线方程之间的拟合质量(例如高斯,超高斯等)

在一个简单的层面上,我可以计算每个系数的不确定性百分比然后平均,尽管我想知道是否有更好的方法? 从在线搜索,以及特别有用的“适合度”维基百科页面,我注意到有很多措施来描述这一点。我想知道是否有人知道是否有任何内置于Python包中/有任何一般建议可以量化曲线拟合的好方法。

感谢您的帮助!

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

您可以使用ODRPACK库而不是curve_fit。 ODRPACK拟合的结果包含几种不同方式的所有拟合参数的不确定性估计,包括估计参数的标准误差,这正是您正在寻找的。

我曾经使用过curve_fit,但我遇到了同样的问题:缺少拟合参数误差的估计。所以,现在我正在使用ODRPACK。