马尔可夫聚类

Question

我有两个问题要准确。首先，我想知道是否有一种简单的方法来调整马尔可夫聚类算法，以便我可以提前指定我希望在最后有多少个聚类。如果没有，你会推荐哪种类似的算法？

其次应该如何处理马尔可夫世界中的重叠集群？

Answer 1

1）。没有简单的方法来调整MCL算法（注意：它的名字是'Markov cluster algorithm'，没有'ing'。很多人用'做马尔可夫聚类'来表达它，这很好）输出指定数量的聚类。在我看来，99.99％的时间是一个非常理想的功能。如果我要做你想做的事情，我会在不同的粒度级别生成4或5个聚类（比如将MCL通胀参数设置为1.4,2.0,3.0,4.0和6.0，但是可能值得多做一些，根据簇大小的分布选择），然后在层次聚类中统一它们（程序'clm close'可以做到这一点）。之后，可以遍历树并尝试找到所需大小的最佳聚类。这显然需要付出巨大努力。我做过类似的事情但过去并不完全相同。

2）。 MCL产生的重叠聚类非常罕见，并且始终是输入图中对称性的结果。大多数人使用的标准MCL实现（来自http://micans.org/mcl/）将删除重叠。我认为这不是一个问题。免责声明：我撰写了MCL。