Question

我有一个多粒子轨迹的矩阵，我想分别分析轨迹数是矩阵的一列，所以我试图根据这个数字进行排序。我正在使用这个答案中的一些代码：MSD with matlab（非常有帮助，谢谢！）来计算MSD，但是我在解析各个轨迹时遇到了困难。为了更详细地解释我想要做什么：我有矩阵形式的轨迹输出，一列用于轨迹编号，一列用于x位置，一列用于y位置等。我希望能够获取此信息并计算每个轨迹的均方位移。为了做到这一点，我必须创建一种基于轨迹号（在mymatrix的第7行中列出）来区分数据点的方法。这似乎是我遇到麻烦的地方。该矩阵中的重要列是1：x位置，2：y位置和7：轨迹编号。到目前为止我已经

了

total_rows=size(mymatrix,1);
max_trajectory_number=mymatrix(total_rows,7);
nData=0;
msd=zeros(total_rows, 4)
for i=0:max_trajectory_number
    trajectornumber= mymatrix(i,7);
    if trajectorynumber.equals(i) 
    nData=nData+1;  %counts the number of instances of this trajectory number, which is the number of data points in the trajectory
    for dt = 1:nData
    deltaCoords = mymatrix(1+dt:end,1:2) - traj0mat(1:end-dt,1:2); %calculates time-averaged MSD based on y and y positions in colums 1 and 2 respectively
    squaredDisplacement = sum(deltaCoords.^2,2); %# dx^2+dy^2+dz^2
    msd(dt,1) = trajectorynumber; %trajectory number
    msd(dt,2) = mean(squaredDisplacement); %# average
    msd(dt,3) = std(squaredDisplacement); %# std
    msd(dt,4) = length(squaredDisplacement); %# n
    end

end

不幸的是，当我在mymatrix上运行时，生成的msd矩阵全部为零。我认为这可能是由于基于轨迹编号的排序错误。我没有得到错误，而不是我正在寻找的结果

如果有人对如何解决这个问题有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

看起来您想要捆绑由相同轨迹编号标识的所有行。我假设它们按照时间顺序显示，当你继续下一列时。然后尝试像

这样的东西

tnumbs = unique(mymatrix(:,7)); % identify unique trajectory numbers
for i=1:length(tnumbs) % loop through trajectories
    icurr = find(mymatrix(:,7)==tnumbs(i)); % find indices to entries for current trajectory

    % perform your averaging
    deltaCoords = mymatrix(icurr(1+dt:end),1:2) - traj0mat(icurr(1:end-dt),1:2); %calculates time-averaged MSD based on y and y positions in colums 1 and 2 respectively
    squaredDisplacement = sum(deltaCoords.^2,2); %# dx^2+dy^2+dz^2
    msd(i,1) = tnumbs(i); %trajectory number
    msd(i,2) = mean(squaredDisplacement); %# average
    msd(i,3) = std(squaredDisplacement); %# std
    msd(i,4) = length(squaredDisplacement); %# n
end

多个轨迹的平均位移

1 个答案: