Question

我正在使用包coxme，我想从模型中提取AIC，以便选择最佳的AIC。

1）我没有找到如何直接执行此操作，我认为如果不更改coxme（）代码的功能，这是不可能的，但我会很高兴出错，让我知道如果我是！

2）我用命令查看了函数的代码：

coxme:::print.coxme

为了向库存AIC添加变量并查看代码，但如果我将其称为“coxme2＆＃39;例如（我只是在开头添加coxme2＆lt; - 并尝试使用它（没有任何其他添加），我收到一个错误：

colnames<-中的错误（*tmp*，值= c（＆＃34; NULL＆＃34;，＆＃34;集成＆＃34;，＆＃34;适合＆＃34;：长度＆＃39; dimnames＆＃39; [2]不等于数组范围

总而言之，coxme函数运行良好，但如果我juste复制并粘贴其代码，它就不会。我该如何解决这个问题？

Answer 1

可以通过

提取AIC

extractAIC.coxme <- function(x){
  loglik <- x$loglik + c(0, 0, x$penalty)
  chi1 <- 2*diff(loglik[1:2]) 
  chi2 <- 2*diff(loglik[c(1,3)])
  c(chi1 - 2*x$df[1], chi2 - 2*x$df[2])
}

fit <- coxme(Surv(time, status) ~ age + sex + (1|ph.ecog), lung)
extractAIC(fit)

请参阅print.coxme函数https://github.com/cran/coxme/blob/master/R/print.coxme.R

Answer 2

你试过getAnywhere(print.coxme)吗？它为您提供了复制和修改R中函数所需的所有代码。

修改

只需写下

copyOfAIC <<- temp

以下

dimnames(temp) <- list(c("Integrated loglik", " Penalized loglik"), c("Chisq", "df", "p", "AIC", "BIC"))

您将获得正在寻找的值的副本

从coxme对象（R）中提取AIC

2 个答案: