通过perl缩短（减去）标题并删除fasta文件中的空行

Question

我有一个这样的fasta文件，标题如下：

>GL13245678
ABCDEDERFSE

>GL123456789
ABDFDRAGDTGEGAGFDAS

>GL1254367890
AFGHSRSGFGSHSFG

我想将标题更改为仅包含GL和6位数，并删除每个标题上方的空行，如下所示：

>GL132456
ABCDEDERFSE
>GL123456
ABDFDRAGDTGEGAGFDAS
>GL125436
AFGHSRSGFGSHSFG

任何人都可以共享一个perl脚本吗？感谢

Answer 1

在GL和6位数后删除标题（以>开头的行）中的任何内容：

s/^>GL\d{6}\K.+//

仅打印非空（仅限空白）行：

print if /\S/

全部放在一起：

perl -ne 's/^>GL\d{6}\K.+//; print if /\S/' file