如何在输入期间从FASTA格式文件中删除第一行?

时间:2012-12-20 10:13:21

标签: perl bioinformatics fasta

我想在输入FASTA文件时删除第一行,这样我的程序只接受氨基酸序列作为输入。

FASTA文件的第一行以>开头,它包含序列的“登录号”及其来源。例如:

>MCHU - Calmodulin - Human, rabbit, bovine, rat, and chicken    
ADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTID 
FPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREA 
DIDGDGQVNYEEFVQMMTAK*

1 个答案:

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>开头:

while(<>) {
    next if /^>/;
    # ...
}

或者,使用$.(当前输入行号)跳过第一个:

while(<>) {
    next if $. < 2;
    # ...
}