Question

我需要你的帮助。

我做了一个将multifasta文件转换为fasta文件的perl脚本。例如：

在multi-fasta文件中包含：

GI | 983431797 | REF | NZ_LN000000.1 | Nocardia farcinica基因组装配NCTC11134，染色体：1   CTGACTGGGAGTACGAAGGCCGCCTGCACAAGACAACGGGGCAGCGAACCTTCTTCTGCACCGGCACGGA

GI | 983431797 | REF | NZ_LN123456.1 | Nocardia farcinica基因组装配NCTC11134，染色体：2   CTGACTGGGAGTACGAAGGCCGCCTGCACAAGACAACGGGGCAGCGAACCTTCTTCTGCACCGGCACGGA

GI | 983431797 | REF | NZ_LN457532.1 | Nocardia farcinica基因组装配NCTC11134，染色体：3

CTGACTGGGAGTACGAAGGCCGCCTGCACAAGACAACGGGGCAGCGAACCTTCTTCTGCACCGGCACGGA

我的脚本执行此操作：

file1.fa

GI | 983431797 | REF | NZ_LN000000.1 | Nocardia farcinica基因组装配NCTC11134，染色体：1 CTGACTGGGAGTACGAAGGCCGCCTGCACAAGACAACGGGGCAGCGAACCTTCTTCTGCACCGGCACGGA

file2.fa

GI | 983431797 | REF | NZ_LN123456.1 | Nocardia farcinica基因组装配NCTC11134，染色体：2 CTGACTGGGAGTACGAAGGCCGCCTGCACAAGACAACGGGGCAGCGAACCTTCTTCTGCACCGGCACGGA

在不同的fasta文件中。

但我需要我的脚本生成一个包含multifasta文件中所有引用的文件。例如：

你明白吗？

对不起，我是perl语言的新手，经过大量研究后我做了第一个脚本，但我无法完成它。所以，如果有人能帮助我，我将不胜感激。 P.S：原谅我的英语。 ^^

我的剧本：

#!/usr/bin/env perl

use strict;

use warnings;

use IO::File;

my $usage = "\nUSAGE: perl $0 <Fasta>"."\n";

print $usage and exit unless($ARGV[0]);

my $input  = IO::File->new("$ARGV[0]");

my $output = "";


while(my $line = $input->getline)

{

    chomp($line);

    if($line =~ /^>/)

    {

         if($output ne "")

         {

              close ($output);

         }

         $line =~ s/^>//;

         $output  = IO::File->new("> $line.fa");

         print $output ">".$line."\n";

      }

      else

      {

          print $output $line."\n";

      }

  }


close ($input);

close ($output);

Answer 1

所以基本上，你想要*.fa中的每个fileReferences.txt文件的第一行？如果是这样，试试这个：

awk 'FNR==1' *.fa > fileReferences.txt

如何仅使用perl

1 个答案: