R中核矩阵的快速计算

Question

我有一个n x p矩阵，想要计算定义为

的n x n矩阵B.

B[i, j] = f(A[i,], A[j,])

其中f是接受适当维度的参数的函数。在R中计算这个有一个巧妙的技巧吗？ f是对称的和肯定的（如果这有助于计算）。

编辑：Praneet要求指定f。这是一个好点。虽然我认为为任何函数提供有效的解决方案会很有意思，但在f（x，y）为base :: norm（xy，type ='F'的重要情况下，我会从高效计算中获得很多里程数。 ）。

Answer 1

您可以将outer与矩阵维度一起使用。

n <- 10
p <- 5
A <- matrix( rnorm(n*p), n, p )
f <- function(x,y) sqrt(sum((x-y)^2))
B <- outer( 
  1:n, 1:n, 
  Vectorize( function(i,j) f(A[i,], A[j,]) ) 
)