Question

有谁知道如何在numpy中启用REFS_OK标志？我似乎无法在网上找到明确的解释。

我的代码是：

import sys
import string
import numpy as np
import pandas as pd
SNP_df = pd.read_csv('SNPs.txt',sep='\t',index_col = None ,header = None,nrows = 101)
output = open('100 SNPs.fa','a')
for i in SNP_df:
    data = SNP_df[i]
    data = np.array(data)
    for j in np.nditer(data):
        if j == 0:
            output.write(("\n>%s\n")%(str(data(j))))
        else:
            output.write(data(j))

我不断收到错误消息：Iterator操作数或请求的dtype保存引用，但REFS_OK未启用。

我无法弄清楚如何启用REFS_OK标志，以便程序可以继续......

Answer 1

我已经解决了这个问题。没有必要使用np.nditer。主要问题是我误解了Python如何在for循环中读取迭代器变量。更正后的代码如下。

import sys
import string
import fileinput
import numpy as np

SNP_df = pd.read_csv('datafile.txt',sep='\t',index_col = None ,header = None,nrows = 5000)
output = open('outputFile.fa','a')

for i in range(1,51): 
    data = SNP_df[i]
    data = np.array(data)
    for j in range(0,1): 
        output.write(("\n>%s\n")%(str(data[j])))
    for k in range(1,len(data)):
        output.write(str(data[k]))

Answer 2

如果你真的想启用这个标志，我有一个有效的例子。

Python 2.7，numpy 1.14.2，pandas 0.22.0

man bash

如何在Python 3.3中的numpy中启用nditer中的REFS_OK标志？

2 个答案: