Question

我在fastq文件中有36个这样的读数：atcttgttcaatggccgatcXXXXgtcgacaatcaa XXXX是不同的条形码。我想在文件中的准确位置（21到24）搜索条形码，并按顺序打印最多3个不匹配的序列，而不是条形码。

例如：我有条形码：aacg 在fastq文件中搜索位置21到24之间的条形码，允许序列中的3个不匹配，如：

atcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac # it has 1 mismatch
ttcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac # it has 2 mismatch
tccttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac # it has 3 mismatch

我试图首先使用awk找到独特的线条，并寻找不匹配的内容，但是查找和找到它们对我来说非常繁琐。

awk 'NR%4==2' 1.fq |sort|uniq -c|awk '{print $1"\t"$2}' > out1.txt

我能找到任何快捷方式吗？

谢谢。

Answer 1

使用Python：

strs = "atcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcaa"

with open("1.fq") as f:
    for line in f:
        if line[20:24] == "aacg":
            line = line.strip()
            mismatches = sum(x!=y for x, y  in zip(strs, line))
            if mismatches <= 3:
                print line, mismatches

atcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac 1
ttcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac 2
tccttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcac 3

Answer 2

使用Python：

import re
seq="atcttgttcaatggccgatcaacggtcgacaatcaa"
D = [ c for c in seq ]
with open("input") as f:
    for line in f:
        line=line.rstrip('\n')
        if re.match(".{20}aacg", line):
            cnt = sum([ 1 for c,d in zip(line,D) if c != d])
            if cnt < 4:
                print cnt, line

Answer 3

使用python regex模块可以指定不匹配的数量

import regex #intended as a replacement for re
from Bio import SeqIO
import collections

d = collections.defaultdict(list)
motif = r'((atcttgttcaatggccgatc)(....)(gtcgacaatcaa)){e<4}' #e<4 = less than 4 errors
records = list(SeqIO.parse(open(infile), "fastq"))
for record in records:
    seq = str(record.seq)
    match = regex.search(motif, seq, regex.BESTMATCH)
    barcode = match.group(3)
    sequence = match.group(0)
    d[barcode].append(sequence) # store as a dictionary key = barcode, value = list of sequences
for k, v in d.items():
    print("barcode = %s" % (k))
    for i in v:
        print("sequence = %s" % (i))

使用捕获组，第四组（3）将是条形码

找到序列不匹配的DNA条形码

3 个答案: