为什么Hardy-Weinberg测试在GenABEL和Plink中有所不同?

时间:2013-04-11 17:18:01

标签: r plink

当我使用此Plink命令时:

Plink --file filename --hardy

将创建一个新文件filename.hwe,每个标记的p值不同,与GenABEL形成对比:

library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact

为什么我得到相同标记的其他p值?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

HWE有不同的测试。例如,卡方拟合优度与Fishers精确检验对杂合子过剩/缺乏。

我不确定,但您应该查看每个软件的手册,以确认他们是否首先使用相同的测试。