为什么Hardy-Weinberg测试在GenABEL和Plink中有所不同？

Question

当我使用此Plink命令时：

Plink --file filename --hardy

将创建一个新文件filename.hwe，每个标记的p值不同，与GenABEL形成对比：

library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact

为什么我得到相同标记的其他p值？

Answer 1

HWE有不同的测试。例如，卡方拟合优度与Fishers精确检验对杂合子过剩/缺乏。

我不确定，但您应该查看每个软件的手册，以确认他们是否首先使用相同的测试。