当我使用此Plink命令时:
Plink --file filename --hardy
将创建一个新文件filename.hwe,每个标记的p值不同,与GenABEL
形成对比:
library(GenABEL)
...
snpSummary<-summary(gtdata(filename))
hwe_test<-snpSummary$Pexact
为什么我得到相同标记的其他p值?
答案 0 :(得分:2)
HWE有不同的测试。例如,卡方拟合优度与Fishers精确检验对杂合子过剩/缺乏。
我不确定,但您应该查看每个软件的手册,以确认他们是否首先使用相同的测试。