Question

我想在plink中按家庭ID分割我的床，bim和fam文件。例如，我可以通过键入以下内容来完成此操作：

p-link --bfile datafile1 --chr 1 --make-bed --out datafile2

这为1号染色体制作了一个单独的床，bim和fam文件。

但是，在我的fam文件中，我有几个不同的系列ID，我想分割文件。例如

Family 1 TS11339 0 0 2 -9
Family 1 TS11233 0 0 2 -9
Family 2 TF99288 0 0 2 -9
Family 2 YJ22997 0 0 2 -9
Family 3 YF00277 0 0 2 -9
Family 3 YY92779 0 0 2 -9

我想要Family1.bed -.bim和-.bam，Family2.bed -.bim和-.bam等。

我该怎么做？（抱歉，知识匮乏 - 刚开始使用plink）。

Answer 1

更简单一点：plink --keep-fam。

Answer 2

我想通了，你可以通过plink做到如下：

p-link --bfile datafile1 --keep LIST1.txt --make-bed --out

其中LIST1.txt是家庭ID和个人的列表。因此，如果您想要提取族1，LIST1.txt将包含：

家庭1 TS11339

家庭1 TS11233

更多信息可以在plink网站上找到。

Answer 3

以下命令应该在UNIX shell上拆分plink数据集：

for fam in $(awk '{print $1}' datafile1.fam | sort | uniq); do echo $fam | plink --bfile datafile1 --keep-fam /dev/stdin --make-bed --out $fam; done

如何在plink中按家庭ID拆分我的床bim和fam文件？

3 个答案: