R vennDiagrams在两个矩阵上

时间:2013-04-08 04:28:36

标签: r

我有两个矩阵,我从lmFit和eBayes和topTable获得,一个是健壮的,一个不是。我选择了P.Value小于我的阈值的两个矩阵中的每一个的行。我想使用venn Diagrams比较两个结果矩阵,看看两者之间哪些行是共同的。

 pval.thr = 0.1
 fit2 <- lmFit(expMat, design, method = "robust", na.omit = T)

 fit2 <- eBayes(fit2)
 res = topTable(fit2, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")

 fit3 <- lmFit(expMat, design, method = "ls", na.omit = T)

 fit3 <- eBayes(fit3)
 res = topTable(fit3, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")

数据如下:

 ID logFC        AveExpr          t         P.Value    adj.P.Val         B

 T  0.059335247 0.154239328 3.749658724 0.000686454 0.105713938 -0.618554935

 H  0.123237308 0.554763583 2.889360548 0.006797704 1   -2.795346287

 C  -0.083833815    0.303813845 -2.880403408    0.006953066 1   -2.814922167

 V  -0.321277798    1.242826381 -2.754181612    0.009528321 1   -3.103478276

 I  0.049515688 0.210959268 2.673704857 0.011608836 1   -3.288163042

 A  -0.591708802    2.968364189 -2.653517946    0.012193179 1   -3.328550805

 S  -0.202304813    0.698173244 -2.479078257    0.018499401 1   -3.698704926

 B  -0.0363145  0.139366103 -2.439974357    0.020272635 1   -3.794860792

有没有办法做到这一点?

到目前为止,我已经查询了vennCount,但我无法弄清楚如何在两个不同的矩阵上使用它。如果有另一个包或方法可能有用,我也很乐意探讨这个问题。

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