我有两个矩阵,我从lmFit和eBayes和topTable获得,一个是健壮的,一个不是。我选择了P.Value小于我的阈值的两个矩阵中的每一个的行。我想使用venn Diagrams比较两个结果矩阵,看看两者之间哪些行是共同的。
pval.thr = 0.1
fit2 <- lmFit(expMat, design, method = "robust", na.omit = T)
fit2 <- eBayes(fit2)
res = topTable(fit2, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")
和
fit3 <- lmFit(expMat, design, method = "ls", na.omit = T)
fit3 <- eBayes(fit3)
res = topTable(fit3, coef = 2, adjust.method = "bonferroni", number = "All", sort.by = "p")
数据如下:
ID logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B
T 0.059335247 0.154239328 3.749658724 0.000686454 0.105713938 -0.618554935
H 0.123237308 0.554763583 2.889360548 0.006797704 1 -2.795346287
C -0.083833815 0.303813845 -2.880403408 0.006953066 1 -2.814922167
V -0.321277798 1.242826381 -2.754181612 0.009528321 1 -3.103478276
I 0.049515688 0.210959268 2.673704857 0.011608836 1 -3.288163042
A -0.591708802 2.968364189 -2.653517946 0.012193179 1 -3.328550805
S -0.202304813 0.698173244 -2.479078257 0.018499401 1 -3.698704926
B -0.0363145 0.139366103 -2.439974357 0.020272635 1 -3.794860792
有没有办法做到这一点?
到目前为止,我已经查询了vennCount,但我无法弄清楚如何在两个不同的矩阵上使用它。如果有另一个包或方法可能有用,我也很乐意探讨这个问题。