k-means聚类与pamk CBI问题

时间:2013-02-27 20:44:11

标签: r cluster-analysis k-means

我一直在尝试对数据进行聚类,以便能够理清不同的强度。从下图中您可以看到两个不同的组。像这样的其他情节并不那么容易区分,所以我认为用集群估计的k均值是一个很好的方法。所以我在fpc包中使用函数pamkCBI(基本上与pamk相同,我发现的输出更容易使用),我试图让我的数据(也是下面的)聚集。我遇到的问题是数据沿着x轴聚集,产生两个聚类,其中顶峰在一个中,而低峰在另一个中。我需要它来区分V1-V8线。我想通过转换列和行来沿着y轴集群,但后来我得到了这个错误:

Error in summary(silhouette(clustering[ss[[i]]], dx))$avg.width : 
  $ operator is invalid for atomic vectors

必须有一种方法可以做到这一点。如果有人有任何建议或其他方式,使用不同的包(甚至不同的程序或不同的集群技术),我会很感激。很抱歉这个问题很长。

library(flexmix)
library(fpc)
cluster <- pamkCBI(mt,krange=1:100,criterion="multiasw", usepam=FALSE,
     scaling=FALSE, diss=FALSE,
     critout=FALSE, ns=10, seed=NULL)

Example test matrix

What the data looks like

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