我想绘制K-Means聚类,总共有两个聚类,有两种不同的颜色,其样本如下所示。
x
Name Cluster
1 A2M 1
2 AAAS 1
3 AACS 1
4 AAGAB 1
5 AAK1 1
6 AAMP 1
7 AARS 1
8 AARS2 1
9 AARSD1 1
10 AASDH 1
11 AASDHPPT 1
12 AASS 1
13 AATF 1
14 ABAT 1
15 ABCA1 1
16 ABCA11P 1
17 ABCA3 1
18 ABCA5 1
19 ABCB10 1
20 ABCB6 1
21 ABCB7 1
22 ABCB8 1
23 ABCC1 1
24 ABCC10 1
25 ABCC4 1
26 ABCC5 1
27 ABCD3 1
28 ABCD4 1
29 ABCE1 1
30 ABCF1 1
31 ABCF2 1
32 ABCF3 1
33 ABCG1 1
34 ABHD10 1
35 ABHD11 1
36 ABHD12 1
37 ABHD13 1
38 ABHD14A 1
39 ABHD14B 1
40 ABHD2 1
20286 ZNF749 2
20287 ZNF76 2
20288 ZNF804A 2
20289 ZNF804B 2
20290 ZNF835 2
20291 ZNF852 2
20292 ZNF861P 2
20293 ZNF865 2
20294 ZNF876P 2
20295 ZNF99 2
20296 ZNRF4 2
20297 ZP1 2
20298 ZP2 2
20299 ZPBP2 2
20300 ZSCAN1 2
20301 ZSCAN10 2
20302 ZSCAN12P1 2
20303 ZSWIM2 2
20304 ZSWIM4 2
20305 tAKR 2
数据框x
有两个大小为15206和5099的群集。
我尝试了代码
library(ggplot2)
ggplot(x, aes(x$Name, x$Cluster, color = x$Cluster)) + geom_point()
得到错误:
UseMethod(“depth”)中的错误: 没有适用于“深度”的方法应用于“NULL”类的对象
答案 0 :(得分:2)
请修改您的代码。无需在对象中引用变量。
xy <- data.frame(Name = LETTERS, Cluster = sample(1:3, size = 26, replace = TRUE))
library(ggplot2)
ggplot(xy, aes(x = Name, y = Cluster, color = as.factor(Cluster))) +
geom_point()
如果您看到一些重叠,您可以随时抖动结果。
ggplot(xy, aes(x = Name, y = Cluster, color = as.factor(Cluster))) +
geom_jitter(height = 0.05)