指定了burnin和thinning时，JAGS / BUGS会保存多少次迭代？

Question

我有一个关于在JAGS和BUGS中运行模型的详细信息的快速问题。

假设我使用n.burnin=5000，n.iter=5000和thin=2运行模型。这是否意味着该计划将：

1. 运行5,000次迭代，并丢弃结果;然后
2. 再运行10,000次迭代，只保留每一秒结果？

如果我将这些模拟保存为CODA个对象，是全部保存10,000个还是只减少5,000个？我只是想了解使用哪组迭代来制作ACF图？

Answer 1

使用JAGS n.burnin=5000, n.iter=5000 and thin=2，意味着你什么都不做。你运行5000，丢弃这5000个中的前5000个，然后只保留链的剩余值的一半（保留1个值并丢弃下一个......）。

例如使用n.burnin=2000, n.iter=7000, thin=50, n.chains=5：所以你有（7000-2000）/ 50 * 5 = 500个值。

Answer 2

您能更具体地说明您正在谈论的软件吗？看起来你在引用R2WinBUGS包中的函数bugs（）的参数（除了参数被称为n.thin而不是瘦）。看看帮助（错误）它只是说n.burnin是“开始时丢弃的迭代次数”。这并没有具体回答你的问题，但是查看该软件包中bugs.script（）的来源告诉我，它会运行5000次迭代，正如你所怀疑的那样。您可以向该软件包的维护者发送建议，以澄清其文档。

在您的示例中，bugs（）将在老化后再运行0次迭代。这里的文档更清晰 - n.iter是迭代的总数，包括老化。

对于第二个问题，WinBUGS（以及任何调用WinBUGS或OpenBUGS的软件）的CODA输出仅包含稀疏样本。