将SPSS数据文件导入R

时间:2013-01-30 14:51:09

标签: r spss

在我的公司,我们正在考虑逐步淘汰选择R的SPSS。在过渡期间,我们仍然会以SPSS数据文件格式(.sav)提供数据。

我在将此SPSS数据文件导入R时遇到问题。当我将SPSS文件导入R时,我想保留变量的值和值标签。 read.spss()包中的foreign函数可以选择保留变量的值或值标签,但不能同时保留两者。

AFAIK,R确实允许因子变量具有值(级别)和值标签(级别标签)。我只是想知道是否有可能以某种方式修改read.spss()函数来合并它。

或者,我从spss.system.file()包中遇到了memisc函数,据说允许这种情况发生,但是它要求一个单独的语法文件(codes.file),这对我来说不一定是可用的

这是sample data file

感谢您解决此问题的任何帮助。

感谢。

5 个答案:

答案 0 :(得分:4)

我不知道如何阅读SPSS元数据;我通常会读取.csv文件并添加元数据,或者编写一个小的一次性PERL脚本来完成这项工作。我想提到的是,最近发布的R软件包Rz可以帮助您将SPSS数据导入R.我已经快速查看它并且看起来很有用。

答案 1 :(得分:2)

我的工作正在经历同样的转变。

read.spss()返回变量标签作为您使用它创建的对象的属性。所以在下面的例子中,我有一个名为rvm的数据框,它是由read.spss()创建的,其中to.data.frame = TRUE。它有3,500个变量,短名称为a1,a2等,但SPSS中每个变量都有长标签。我可以通过

访问变量标签
cbind(attributes(rvm)$variable.labels)

返回所有3,500个变量全名到

的列表
…
x23      "Other Expenditure Uncapped Daily Expenditure In Region"          
x24      "Accommodation Expenditure In Region"                             
x25      "Food/Meals/Drink Expenditure In Region"                          
x26      "Local Transport Expenditure In Region"                           
x27      "Sightseeing/Attractions Expenditure In Region"                   
x28      "Event/Conference Expenditure In Region"                          
x29      "Gambling/Casino Expenditure In Region"                           
x30      "Gifts/Souvenirs Expenditure In Region"                           
x31      "Other Shopping Expenditure In Region"                            
x0       "Accommodation Daily Expenditure In Region"  

如何处理这些问题是另一回事,但至少我有它们,如果我想,我可以将它们放在其他物体中以便妥善保管,用grep搜索等等。

答案 2 :(得分:2)

有一种解决方案可以通过ODBC驱动程序读取R中的SPSS数据文件。

1)有一个IBM SPSS Statistics Data File Driver。我找不到下载链接。我是从我的SPSS提供商那里得到的。您可以使用独立驱动程序。您不需要SPSS来安装或使用驱动程序。

2)为SPSS数据驱动程序创建DSN。

3)使用RODBC包,您可以在R中读取任何SPSS数据文件。可以将每个变量的值标签作为单独的表获取。然后可以按照您的意愿以任何方式使用R中的标签。

以下是Windows上的一个工作示例(我现在没有在我的计算机上使用SPSS)来读取R示例数据文件。我没有在Linux上测试过这个。它也可能适用于Linux,因为Linux也有一个SPSS数据驱动程序。

require(RODBC)

# Create connection
# Change the DSN name and CP_CONNECT_STRING according to your setting
con <- odbcDriverConnect("DSN=spss_ehsis;SDSN=SAVDB;HST=C:\\Program Files\\IBM\\SPSS\\StatisticsDataFileDriver\\20\\Standalone\\cfg\\oadm.ini;PRT=StatisticsSAVDriverStandalone;CP_CONNECT_STRING=C:\\temp\\data_expt.sav")

# List of tables
Tables <- sqlTables(con)
Tables

# List of table names to extract
table.names <- Tables$TABLE_NAME[Tables$TABLE_SCHEM != "SYSTEM"]

# Function to query a table by name
sqlQuery.tab.name <- function(table) {
  sqlQuery(con, paste0("SELECT * FROM [", table, "]"))
}

# Retrieve all tables
Data <- lapply(table.names, sqlQuery.tab.name)

# See the data
lapply(Data, head)

# Close connection
close(con)

例如,我们可以为两个变量定义值标签:

[[5]]
  VAR00002 VAR00002_label
1        1           Male
2        2         Female

[[6]]
  VAR00003 VAR00003_label
1        2        Student
2        3       Employed
3        4     Unemployed

其他信息

这是一个允许在与SPSS数据文件建立连接后读取SPSS数据的函数。该函数允许指定要选择的变量列表。如果value.labels=T将SPSS数据文件中带有值标签的选定变量转换为附加了标签的R因子。

我不得不说我对这个解决方案的性能不满意。它适用于小型数据文件。对于大型SPSS数据文件,甚至经常达到RAM限制(即使选择了变量子集)。

get.spss <- function(channel, variables = NULL, value.labels = F) {

  VarNames <- sqlQuery(channel = channel,
    query = "SELECT VarName FROM [Variables]", as.is = T)$VarName

  if (is.null(variables)) variables <- VarNames else {
    if (any(!variables %in% VarNames)) stop("Wrong variable names")
  }

  if (value.labels) {
    ValueLabelTableName <- sqlQuery(channel = channel,
      query = "SELECT VarName FROM [Variables]
                                    WHERE ValueLabelTableName is not null",
      as.is = T)$VarName
    ValueLabelTableName <- intersect(variables, ValueLabelTableName)
  }

  variables <- paste(variables, collapse = ", ")

  data <- sqlQuery(channel = channel,
    query = paste("SELECT", variables, "FROM [Cases]"),
    as.is = T)

  if (value.labels) {
    for (var in ValueLabelTableName) {
      VL <- sqlQuery(channel = channel,
        query = paste0("SELECT * FROM [VLVAR", var,"]"),
        as.is = T)
      data[, var] <- factor(data[, var], levels = VL[, 1], labels = VL[, 2])
    }
  }

  return(data)
}

答案 3 :(得分:1)

由于您有SPSS可用,我建议安装“Essentials for R”插件(免费,但您需要注册,也请参阅installation instructions),它允许您在SPSS中运行R.该插件包含一个R包,其中包含将活动SPSS数据帧传输到R(和返回)的功能 - 包括标记的因子级别,日期,德语变音符号 - 这些都是非常困难的细节。根据我的经验,它比R自己的foreign包更可靠。

完成所有设置后,在SPSS中打开数据,然后在语法窗口中运行类似下面的代码:

begin program r.
myDf <- spssdata.GetDataFromSPSS(missingValueToNA=TRUE,
                                 factorMode="labels",
                                 rDate="POSIXct")
save(myDf, file="d:/path/to/your/myDf.Rdata")
end program.

R插件链接的基本要素(显然打破了markdown链接语法):

https://www.ibm.com/developerworks/mydeveloperworks/wikis/home/wiki/We70df3195ec8_4f95_9773_42e448fa9029/page/Downloads%20for%20IBM®%20SPSS®%20Statistics?lang=en

答案 4 :(得分:0)

如今,软件包haven提供了实现所需功能(以及更多功能)的功能。

函数read_sav()可以导入* .sav和* .zsav文件并返回tibble。变量标签会​​自动存储在该labels中相应变量的tibble属性中。类labelled保留了原始语义,并允许我们将任意标签与数字或字符向量相关联。如果需要,我们可以使用函数as_factor()强制将带有标签的对象(即带有标签的类的对象)甚至data.frametibble内的所有带有标签的向量(一次)强制转换为因子。