带有值的热图（ggplot2）

Question

我已经在各种R图形系统（包括格子和底座）中看到了热像图，如下所示：

我倾向于稍微使用ggplot2，并且希望能够制作具有相应单元格值的热图。这是热图和使用geom_text的尝试：

library(reshape2, ggplot2)
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
dat2 <- melt(dat, id.var = "X1")
p1 <- ggplot(dat2, aes(as.factor(Var1), Var2, group=Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") 
p1

#attempt
labs <- c(apply(round(dat[, -2], 1), 2, as.character))
p1 +  geom_text(aes(label=labs), size=1)

通常情况下，我可以找出要通过的x和y值，但在这种情况下我不知道，因为此信息不会存储在数据集中。如何将文字放在热图上？

Answer 1

已更新以符合tidyverse原则并改善ggplot2 的使用不足

根据SlowLeraner的评论我很容易做到这一点：

library(tidyverse)

## make data
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)

## reshape data (tidy/tall form)
dat2 <- dat %>%
    tbl_df() %>%
    rownames_to_column('Var1') %>%
    gather(Var2, value, -Var1) %>%
    mutate(
        Var1 = factor(Var1, levels=1:10),
        Var2 = factor(gsub("V", "", Var2), levels=1:10)
    )

## plot data
ggplot(dat2, aes(Var1, Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) + 
    geom_text(aes(label = round(value, 1))) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") 

Answer 2

还有另一种更简单的方法来使用值制作热图。您可以使用pheatmap来执行此操作。

dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
install.packages('pheatmap') # if not installed already
library(pheatmap)
pheatmap(dat, display_numbers = T)

这会给你这样的情节

如果要删除群集并使用配色方案，则可以

pheatmap(dat, display_numbers = T, color = colorRampPalette(c('white','red'))(100), cluster_rows = F, cluster_cols = F, fontsize_number = 15)

您还可以更改显示数字的字体大小，格式和颜色。