ggplot2热图，带有远程值的颜色

Question

我想在ggplot2中制作热图。我的玩具数据和代码是：

set.seed(12345)
dat <- 
  data.frame(
      Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10)
    , Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5)
    , Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1)
    )
library(ggplot2)
p <- ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y), colour = "white") +
      scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")
p

我希望为这样的远程值设置颜色方案：

-3 <= Y < -2  ---> Dark Blue
-2 <= Y < -1  ---> Blue
-1 <= Y <  0  ---> Light Blue
 0 <= Y <  1  ---> Light Green
 1 <= Y <  2  ---> Green
 2 <= Y <= 3  ---> Dark Green

任何帮助都将受到高度赞赏。感谢

Answer 1

目前尚不清楚您是否需要离散颜色，或者您列出的颜色只是Y范围内的标记。我会同时展示。

对于离散颜色，请使用Y1作为joran定义

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE)

然后，您可以使用手动缩放

获取您列出的特定颜色的绘图

p <- ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y1)) +
      scale_fill_manual(breaks=c("\[-Inf,-3)", "\[-3,-2)", "\[-2,-1)", 
                                 "\[-1,0)", "\[0,1)", "\[1,2)", 
                                 "\[2,3)", "\[3, Inf)"),
                        values = c("white", "darkblue", "blue",
                                   "lightblue", "lightgreen", "green",
                                   "darkgreen", "white"))
p

我不知道你想要的超过-3和3的颜色，所以我用白色。

如果你想要一个连续的颜色，从阴性的蓝色到0的白色到阳性的绿色，scale_fill_gradient2就可以了。

ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
  geom_tile(aes(fill = Y)) +
  scale_fill_gradient2(low="darkblue", high="darkgreen", guide="colorbar")

如果你想要对颜色进行精细的细节控制，那么映射是3的“深蓝”，2的“蓝色”，1的“浅蓝”，0的“白色”等，然后scale_fill_gradientn会为你工作：

library("scales")
ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
  geom_tile(aes(fill = Y)) +
  scale_fill_gradientn(colours=c("darkblue", "blue", "lightblue", 
                                 "white",
                                 "lightgreen", "green", "darkgreen"),
                       values=rescale(c(-3, -2, -1,
                                        0,
                                        1, 2, 3)),
                       guide="colorbar")

Answer 2

你可以选择这样的方法，但这里有一个选择。

首先，使用cut从Y创建一个具有适当范围的因子：

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE)

然后使用 RColorBrewer ：

中的调色板进行绘图

ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y1), colour = "white") +
      scale_fill_brewer(palette = "PRGn")

这个配色方案在低端比紫色更蓝，但它是我在Brewer调色板中找到的最接近的。

如果您想构建自己的，可以使用scale_fill_manual并为values参数指定所需的颜色矢量。