对于r中的某些值，具有自己颜色的热图

Question

这是数据：

set.seed(123)
mat <- matrix(rnorm(5000, 0.5, 0.2), 50)
heatmap (mat)

mat[mat > 0.05] <- NA
heatmap (mat)

Error in hclustfun(distfun(x)) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

通过替换其他值（任意可以帮助），但它可以欺骗读者，因为它将从相同的比例中选择颜色，这是不正确的。所以我想为那些大于0.05的值设置完全不同的颜色。

mat[mat > 0.05] <- 0.1
heatmap (mat)

Answer 1

也许...

library(gplots)
set.seed(123)
mat <- matrix(rnorm(5000, 0.5, 0.2), 50)
heatmap.2(mat, breaks=c(-1,0.02,0.05,1), col=c("yellow", "red", "blue"), 
# aiming for >0.05 is blue
dendrogram="both", trace="none")

基本上使用col=和breaks=

看起来像：