在ggplot2中为转换后的数据标记重新标记的值

时间:2012-06-02 09:40:33

标签: r ggplot2 heatmap

问题

当我试验热图时,这是一个循环问题,可能有一个令人沮丧的明显答案......

我使用fieldsggplot2包在plotting a heatmap with dissimilar data上回答了一个问题。它基本上允许使用akima包插入非常不同的缩放x和y轴进行插值,以便进行绘图。

不幸的是,我无法找到重新标记轴的方法,以便它们返回原始值。我知道这将涉及在breaks中使用labelsggplot2参数,但我无法产生任何错误。非常感谢两个绘图包的解决方案......

更新了解决方案

为方便起见,我的代码是使用ggplot2

library("akima")
library("ggplot2")

x.orig <- rnorm(20, 4, 3)
y.orig <- rnorm(20, 5e-5, 1e-5)
x <- scale(x.orig)  
y <- scale(y.orig) 
z <- rnorm(20)

t. <- interp(x,y,z)
t.df <- data.frame(t.)

gt <- data.frame( expand.grid(x=t.$x, 
                              y=t.$y), 
                  z=c(t.$z), 
                  value=cut(c(t.$z), 
                            breaks=seq(min(z),max(z),0.25)))

p <- ggplot(gt) + geom_tile(aes(x,y,fill=value)) + 
    geom_contour(aes(x=x,y=y,z=z), colour="black") 

# --------------------------------------------------------------
# Solution below prompted by X. He's answer:

get.labels <- function(break.points, orig.data, scaled.data, digits) { 
    labels <- as.character(lapply(break.points,      
            function(i) round(i * min(orig.data) 
                              / min(scaled.data),
                              digits)
                                  )
                           )
    labels
}

x.break.points <- seq(min(x), max(x), 0.5)
x.labels <- get.labels(x.break.points, x.orig, x, digits=2)
p <- p + scale_x_continuous(breaks=x.break.points, 
                            labels=x.labels)

y.break.points <- seq(min(y), max(y), 0.5)
y.labels <- get.labels(y.break.points, y.orig, y, digits=8)
p <- p + scale_y_continuous(breaks=y.break.points, 
                            labels=y.labels)

p

结果

Correctly labeled heat map

还有待解决

还有一个问题:首次运行代码时,它会反向生成标签,在第二次和后续运行时,标签会被正确标记。也许是另一个问题?...

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

我做了类似的事情:

library("akima")
library("ggplot2")

x.orig <- rnorm(20, 4, 3)
y.orig <- rnorm(20, 5e-5, 1e-5)
x <- scale(x.orig)  
y <- scale(y.orig) 
z <- rnorm(20)

t. <- interp(x,y,z)
t.df <- data.frame(t.)

gt <- data.frame( expand.grid(x=t.$x, 
                              y=t.$y), 
                  z=c(t.$z), 
                  value=cut(c(t.$z), 
                            breaks=seq(min(z),max(z),0.25)))

p <- ggplot(gt) + geom_tile(aes(x,y,fill=value)) + 
    geom_contour(aes(x=x,y=y,z=z), colour="black") 

get.labels <- function(break.points, orig.data, scaled.data, digits) { 
    labels <- as.character(lapply(break.points,      
            function(i) round(i * min(orig.data) 
                              / min(scaled.data),
                              digits)
                                  )
                           )
    labels
}

x.break.points <- seq(min(x), max(x), 0.5)
x.labels <- get.labels(x.break.points, x.orig, x, digits=2)
p <- p + scale_x_continuous(breaks=x.break.points, 
                            labels=x.labels)

y.break.points <- seq(min(y), max(y), 0.5)
y.labels <- get.labels(y.break.points, y.orig, y, digits=8)
p <- p + scale_y_continuous(breaks=y.break.points, 
                            labels=y.labels)

p

Heat map with properly labeled axes