我正在尝试使用Python处理它后将一些XML数据导入我的MySQL数据库。为了简单起见,我在一个使用SQLAlchemy访问我的数据库的脚本中完成所有操作。
XML文件有大约80,000个条目,我使用xml.etree.cElementTree
的{{1}}方法处理它,并在使用它们之后删除节点,以使我的内存使用量保持在20mb左右。
一旦我加入SQLAlchemy并开始向数据库添加内容,我的内存使用量每秒增加大约10mb,直到脚本耗尽了我的所有内存并且操作系统将其杀死。
这基本上就是我的代码:
iterparse
我不确定还有什么可以尝试的。定期index = 0
for element in iterate_xml():
...
index += 1
session.add(Model(**data))
if index % 1000 == 0:
session.flush()
session.commit()
和.flush()
会有所帮助,但他们无法解决问题。
SQLAlchemy不适合执行此任务吗?
我像这样设置SQLAlchemy:
.commit()
我的桌子看起来像这样:
Base = declarative_base()
engine = create_engine(config.SQLALCHEMY_DATABASE_URI, echo=False)
Session = sessionmaker(bind=engine, autoflush=False, expire_on_commit=False)
session = Session()
columns = []
for name, datatype in structure.iteritems():
if isinstance(datatype, int):
datatype = String(datatype or 20)
column = Column(name, datatype)
columns.append(column)
metadata = MetaData(bind=engine)
table = Table('table_name', metadata,
Column('id', Integer, primary_key=True),
*columns
)
metadata.drop_all(engine)
metadata.create_all(engine)
class MyTable(Base):
__tablename__ = 'table_name'
__table_args__ = {
'autoload': True,
'autoload_with': engine
}
是一个将列名映射到数据类型的字典(它是从XML生成的):
structure
答案 0 :(得分:9)
这是一个仅限SQLAlchemy版本的代码。在0.7和0.8的测试中,它不泄漏任何内存,这对我来说并不意外,因为我们在持续集成下进行了十几次测试,以确保在许多情况下没有任何泄漏。因此,第一步是确认此脚本不会泄露给您,然后尝试找出此脚本与您之间的更改,以生成实际显示泄漏内存的测试用例。
from sqlalchemy import Column, String, Integer, create_engine
from sqlalchemy.orm import Session
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
Base = declarative_base()
class Model(Base):
__tablename__ = "a"
id = Column(Integer, primary_key=True)
data = Column(String)
e = create_engine("sqlite:///somefile.db")
Base.metadata.create_all(e)
session = Session(e)
for index in xrange(10000000):
session.add(Model(data="data %d" % index))
if index % 1000 == 0:
print "flushing... %d" % index
session.flush()
session.commit()
重要的是要注意SQLAlchemy过去泄露内存的那些问题。这是最近修复泄漏的历史:
0.7.8 - 最近的。此处修复的泄漏仅在以下情况下发生:1。C扩展,2。pyodbc驱动程序,在某些结果获取操作期间(不是全部)
0.6.6 - C扩展中的“Decimal”结果处理器有泄漏。
0.6.6 - 如果用于以某种方式选择行,SQLSoup扩展被识别为具有潜在泄漏(SQLSoup现在是它自己的项目)
0.5.5 - 当对象被打开并放回会话时固定潜在的内存泄漏
0.5.4 - 对Session的内存使用进行了重大改进。你肯定希望远远超过这个版本。