我指的是这个链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/，尝试在单台机器上进行爆炸搜索。我从NCBI网站上获得了爆炸应用程序和refseq_rna爆炸数据库。爆炸搜索只需几秒钟即可获得结果。我想询问是否有任何方法可以使blast搜索花费更多时间在blast数据库上搜索匹配的序列？
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BLAST是一种启发式方法，它的设计非常快。此外，NCBI接口上的一些结果也是预先计算的。为什么你希望这个过程需要更长的时间我无法想象，但你可以尝试运行Smith-Waterman对齐算法，这将找到真正最佳的匹配，并且在大型数据库上比BLAST花费更长的时间。
答案 1 :(得分：0)
也许你可以告诉我们你为什么要放慢它的速度！？
但是对于它的价值，请使用-W选项缩小字大小。